<div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I am trying to build some DNA duplex models with different pitches by 3DNA. After changing the pitches from the original duplex model, I refined the duplex in PHENIX with geometry minimization. However, the basepairing get completely distorted. </div><div><br></div><div>Is there a quick way to generate the cif file for basepairing in PHENIX or are there any other better ways to keep the basepairing restraint during the model refinement? </div><div><br></div><div>Thank you very much for your kind help!</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Xiang    <br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Li Xiang <br>Department of chemistry,<br>University of Michigan<br>Email：<a href="mailto:lixiang1642@gmail.com" target="_blank">lixiang1642@gmail.com</a></div>
</div></div>