<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>What is the best way to run Autobuild if I need to run it on hundreds of datasets (through command-line)?  I have a single machine with 24 cores and access to a cluster with 128 cores (on parallel; accessible only through PBS script).  <br></div><div><br></div><div>Each Autobuild job with nproc=4 on a single core machine takes ~12 hours to run (nproc &gt; 4 wouldn&#39;t make any difference in the speed of computation?!).  However, I read that I could set nproc=10 (or more) and run on parallel (<a href="https://www.phenix-online.org/documentation/reference/autobuild.html#parallel-jobs-nproc-nbatch-number-of-parallel-models-and-how-autobuild-works-in-parallel">https://www.phenix-online.org/documentation/reference/autobuild.html#parallel-jobs-nproc-nbatch-number-of-parallel-models-and-how-autobuild-works-in-parallel</a>).  When I tried the same through PBS script, I got the following error,</div><div><br></div><div>XXXXXXXXXXXXXX</div><div><div>Running up to  1  jobs in parallel... with total of  3  jobs</div><div><br></div><div>Splitting work into 3 jobs and running with 1 processors using qsub background=False nproc=20</div><div>background=False in ~phenixWorkingDir/1yya/part1/8tim/AutoBuild_run_5_/TEMP0</div><div>Final job will be run with sh  with background=True</div><div>Starting job 1...Log will be: ~phenixWorkingDir/1yya/part1/8tim/AutoBuild_run_5_/TEMP0/RUN_FILE_1.log</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/autosol/AutoBaseExtend.py&quot;, line 989, in DoNextMethod</div><div>    self.CarryOutBest()     # to be obtained after it is finished</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/autosol/AutoBaseExtend.py&quot;, line 2147, in CarryOutBest</div><div>    getattr(self,str(self.application_method))()  # call this fn</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/wizards/AutoBuild.py&quot;, line 2364, in AutoBuild_build_cycle</div><div>    self.AutoBuild_rebuild_cycle_run()</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/wizards/AutoBuild.py&quot;, line 4647, in AutoBuild_rebuild_cycle_run</div><div>    always_reuse_model=always_reuse_model)</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/wizards/AutoBuild.py&quot;, line 7452, in AutoBuild_build_refine</div><div>    mtz_file=mtz_file,mtz_ref_file=mtz_ref_file)</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/wizards/AutoBuild.py&quot;, line 7696, in run_standard_build_in_parallel</div><div>    r.run(out=sys.stdout)</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/autosol/run_group_of_wizards.py&quot;, line 294, in run</div><div>    self.start_run(run_file,last=is_last)</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/phenix/phenix/autosol/run_group_of_wizards.py&quot;, line 604, in start_run</div><div>    cmd+&quot; &quot;+self.add_double_quote(run_file,escape_space=False)).raise_if_errors()</div><div>  File &quot;~opt/phenix-1.9-1692/cctbx_project/libtbx/easy_run.py&quot;, line 37, in raise_if_errors</div><div>    raise Error(msg)</div><div>RuntimeError: child process stderr output:</div><div>  command: &#39;qsub background=False nproc=20 &quot;~phenixWorkingDir/1yya/part1/8tim/AutoBuild_run_5_/TEMP0/RUN_FILE_1&quot;&#39;</div><div>  /bin/sh: qsub: command not found</div></div><div><br></div><div>XXXXXXXXXXXXXX</div><div><br></div><div>Please let me know if I can share eff and log files of the run.</div><div><br></div><div>Please advice,<br></div><div>Kaushik</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">People living deeply have no fear of death - Anais Nin<br>Caution: I am still the dumbest person I have ever known :-)<br></div>
</div></div>