<div dir="ltr"><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">Hi, </div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px"><br></div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">I am doing joint X-ray and neutron refinement for my structure. </div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px"><br></div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">I found a few residues with two alternate conformations. After I generated alternation conformations, I used phenix.readyset to generate hydrogen and deuterium atoms for D/H atoms. However, phenix.readyset only gives H atoms for exchangable H atoms, such as the amide H atoms. The reason is that A and B letters have been assigned for the alternate conformation, not for the D/H atoms for particular conformations. </div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">Could anyone know how to solve this problem? </div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px"><br></div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">The second question is that I found one Glu residue is protonated at OE1 atom of its carboxylate side chain. How could I generate protonated Glu? Do I need a strain file for this?</div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px"><br></div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">Thanks!</div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px"><br></div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">Qun </div><div><br></div><br>
</div>