<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 5, 2015 at 2:20 AM, crystallogrphy <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:qunwan1@gmail.com" target="_blank">qunwan1@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">I found a few residues with two alternate conformations. After I generated alternation conformations, I used phenix.readyset to generate hydrogen and deuterium atoms for D/H atoms. However, phenix.readyset only gives H atoms for exchangable H atoms, such as the amide H atoms. The reason is that A and B letters have been assigned for the alternate conformation, not for the D/H atoms for particular conformations. </div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">Could anyone know how to solve this problem? </div></blockquote><div><br></div><div>ReadySet! is not able to add D/H onto alternative locations. That needs to be done with care to ensure that the correct atoms are &quot;seeing&quot; the correct atoms in the surrounding environment.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px"><br></div><div style="line-height:21px;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana;font-size:14px">The second question is that I found one Glu residue is protonated at OE1 atom of its carboxylate side chain. How could I generate protonated Glu? Do I need a strain file for this?</div></blockquote><div><br></div><div>The restraints should happen automatically in refinement if you have the correctly named atoms in the correct location. You can check this in the .geo file.</div><div><br></div><div>I&#39;m happy to assist if you send me the model, off-line. </div></div><br><br><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div>
</div></div>