<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear developers<br><br></div>I am refining a low resolution structure (3.8 A). After I fix most of the outliers (red bars) in Coot, phenix.refine is causing my structure to be worse than the start with 13 % Ramachandran outlier and 13 % rotamer outlier.<br><br></div>Secondly, when I used phase_and_build to build my model, my R/Rfree is around 30/35 with atoms from some residues missing. When I fill them in with Coot, fix the outliers above and re-refine, R/Rfree jumps to 36/42 and the rmsd angles are too high (2.9).<br><br></div>I have already used weight optimization and NCS. Am I doing something wrong?<br><br></div>Thanks.<br></div>