<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 21, 2015 at 11:10 AM, Emilia C. Arturo (Emily) <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:eca38@drexel.edu" target="_blank">eca38@drexel.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Yes, you&#39;re absolutely right, and I hadn&#39;t found documentation for phenix.metal_coordination to help me gauge whether &#39;my&#39; irons were like those used to inform how phenix generated the edits file. Do you happen to know on what the tool bases its ideal distances? </div></blockquote><div><br></div><div>There are taken from a literature survey some time ago.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Do you have any references you can share that discuss how Fe-ligand distances change with charge and spin state, whether its observable in crystal structures or solution? Or, maybe you can suggest search terms to help me out as I am quite naive about bio-inorganic chemistry?</div></div></blockquote></div><div class="gmail_extra"><br></div>A more recent survey could possibly be of help to you but you have data that may be telling you what you need to do. You can also add a slack option to the edit which makes the potential well flat bottomed. If you made it say 0.2 then the metal coordinate would be very flexible and you wouldn&#39;t have the nonbonded term pushing them apart.<br><br><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div>
</div></div>