<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 25, 2015 at 2:35 AM, mohamed noor <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mohamed.noor34@gmail.com" target="_blank">mohamed.noor34@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div> was referring to the partial charge in the restraint file, which IMHO should be translated to the model.<br></div></blockquote><div><br></div><div>The PDB file format is for formal integer charges. The partial charges will simply not fit.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div></div><div><br></div>I have a second problem - I&#39;m using the cif file for refinement but the angles and bond lengths still get distorted. These are flagged as outliers in phenix.refine. Why is it not using the values that I input? My resolution is 3.8 A, but I still end up with positive density around all the hemes. In fact, the problems with hemes are the cause of a large majority of my outliers. I did a parallel refinement with and without the restraint file - it doesn&#39;t make any difference.</blockquote></div><br>Please send the final model and .geo file directly off-list.<br><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div>
</div></div>