<div dir="ltr">

<p class="MsoNormal">Hi,</p><p class="MsoNormal"><br></p>

<p class="MsoNormal">I still have little experience in the refinement of protein
structures. So, I have some (basic) doubts that I would like you to help me
please. <br></p><p class="MsoNormal"><br></p>

<p class="MsoNormal">1) I have a metal coordinated to a cofactor in the active
center of my protein structure. The initial solution provided by
phaser/autobuilding already contained the metal+cofactor modelled in the
density but with zero occupancy. Then I created all the necessary restraints
and cif files with phenix_ready_set and did two cycles of model building/phenix
refinement. The refined structures always contained zero occupancy for those
atoms. My question is: should I manually change the occupancy for the
metal+cofactor to 1? I thought this would be made automatically by phenix
because I selected the option “occupancies” and “individual B-factors” in the
refinement strategy…</p><p class="MsoNormal"><br></p>

<p class="MsoNormal">2) When manually placing waters in the density with coot,
what is the maximum value of B-factor that is acceptable for a water? I am
asking that because I have some water molecules with weak density and consequently
B-factors between 45 and 55 but that are involved in interactions with other
molecules. Is it better to keep those waters or remove them? <br></p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">Best regards,</p><p class="MsoNormal">Alexandra<br></p>

</div>