<div dir="ltr">Dear Charles,<div><br></div><div>First of all, I would recommend to change <span style="font-size:12.8000001907349px">value_angle_esd from 0 to something like 1 or 2 degrees if you want it to be tight.</span></div><div>Next, make sure that your restraint is actually applied by inspecting the resulting .geo file and locating respective &quot;dihedral&quot; restraint.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Oleg Sobolev.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 16, 2015 at 6:28 AM, CPMAS Chen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:cpmasmit@gmail.com" target="_blank">cpmasmit@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi, All Phenix Users,</div><div><br></div><div>I am fitting 2-bromoethanol to the density map. I want to keep its gauche conformation, so I edited the cif for this ligand to restrain the torsion angle,</div><div><br></div><div>loop_</div><div>_chem_comp_tor.comp_id</div><div>_<a href="http://chem_comp_tor.id" target="_blank">chem_comp_tor.id</a></div><div>_chem_comp_tor.atom_id_1</div><div>_chem_comp_tor.atom_id_2</div><div>_chem_comp_tor.atom_id_3</div><div>_chem_comp_tor.atom_id_4</div><div>_chem_comp_tor.value_angle</div><div>_chem_comp_tor.value_angle_esd</div><div>_chem_comp_tor.period</div><div>BRJ Var_01        BR1      CB      CB1     OB1         -60.00  0.0 3</div><div><br></div><div><br></div><div>But, after refinement, this angle can be close to 90 or even 120. Even worse is that the fitting at such angles are not better than at -60/60 angle.</div><div><br></div><div>How could I fix/restrain the angle during refinement?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Charles</div><div><br></div>***************************************************<br><div class="gmail_extra"><div><p>Charles Chen</p><p>Research Associate</p><p>University of Pittsburgh School of Medicine</p><p>Department of Anesthesiology</p><p>******************************************************</p><p></p></div>
</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br></blockquote></div><br></div>