<div dir="ltr"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Thank you very much for your replies.</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Here is what I did:</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">1)I rerun xdsconv again with Friedls law=false in order
to get the mtz file with the F(+) and F(-) columns (new.mtz). <span style> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">2) I used my pdb file from the last refinement together
with the new.mtz file as input for “Calculate maps” in Phenix and selected the
option for anomalous map. </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Now I obtained the ANOM PHANOM map. I hope this is
correct…</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">In the anomalous map the largest density is in the Mo and
Fe atoms. There is no density in the S of SO3 or SO4 groups, so, this will not
help me to decide whether there are SO3 groups in the structure (because for the
SO4 I have no doubt).</span></p>

<pre><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">However, while searching the mailling list I foud this post <a href="http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-September/013799.html">http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-September/013799.html</a> which <br>worried me. Should I have used from the beginning this “new” mtz file with F+/F- in order to obtain anomalous differences map at each <br>refinement step? Do you think that I should go back, transfer the R-free flags to my new mtz file and repeat all the refinements?<br><br></span></pre><pre><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Best regards,<br></span></pre><pre><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Alexandra<br></span></pre><pre><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"></span></pre>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;line-height:115%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> </span></p>

<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-06-17 16:59 GMT+01:00 Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Alexandra,<br>
    <br>
    to get anomalous difference map you do not need to do anything
    special: phenix.refine calculates this map by default as long as
    your input data are Fobs(+) and Fobs(-) or Iobs(+) and Iobs(-).<br>
    <br>
    Refining occupancy of Mo may not be a bad idea given it is likely to
    be partially occupied.<br>
    <br>
    Pavel<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 6/17/15 06:04, Alexandra Marques
      wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">
        <p class="MsoNormal">Hi,</p>
        <p class="MsoNormal"><br>
        </p>
        <p class="MsoNormal">I am in the last refinement steps of a MR
          model and I want
          to calculate an anomalous difference map<span>
          </span>essentially to confirm the presence of a sulfite
          molecule and to locate vanadium
          (present in soaking solution). I read that it is necessary to
          have a mtz file
          with anomalous data (i.e. F+,F- or I+,I-). However, my data
          was collected at “normal”
          wavelenght (0.97) and it was processed with XDS considering
          Friedls law= true
          and my mtz file contain the following columns: H K L FP SIGFP.
          So, can I still
          calculate a anomalous difference map based on my data?</p>
        <p class="MsoNormal"><br>
        </p>
        <p class="MsoNormal">Since I also have a Mo atom in the active
          site can I try to
          refine its occupancy by using the option “anomalous groups” in
          the refinement
          strategy? <br>
        </p>
        <p class="MsoNormal"><br>
        </p>
        <p class="MsoNormal">Thank you very much, </p>
        <span style="font-size:11pt;line-height:115%;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Alexandra</span></div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br></div></div>