<div dir="ltr">Xiao,<div><br></div><div>I can&#39;t comment much on refinement with phenix.den as it is a feature I haven&#39;t used before.</div><div><br></div><div>There is indeed an input for number of processors.  If you are running via command line, add --nproc=# to your command, where # is the number of processors.  If you are using the GUI, there is a box in the bottom right-hand corner where you can select number of CPUs.</div><div><br></div><div>For hyper threaded CPUs you can pick double the actual physical cores.  The 4770 chips have 4 hyper threaded physical cores, so you can run jobs with up to eight.</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 24, 2015 at 10:21 AM, Xiao Lei <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:xiaoleiusc@gmail.com" target="_blank">xiaoleiusc@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jim,<div><br></div><div>Thanks for the information! I just got a HP with core i7 4771 (4 cores 3.5GHz), now I know it will be a good speed boost for phenix. I used DEN refinement in phenix, which is very slow, I&#39;m even thinking using university cluster to do it. There is an &quot;DEN parameter optimization&quot; choice in phenix, I do not know if this can be finished by parallel computing with multiple processors.</div><div><br></div><div>I have one question, in the phenix refinement, there is an input for the number of processor, is it the same number as cores CPU has? If a CPU is hyper-threaded like core i7 4771 (8 threads but 4 cores), should I put number of processors 8 or 4?</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div><br></div><div>Xiao</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 24, 2015 at 9:06 AM, Jim Fairman <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fairman.jim@gmail.com" target="_blank">fairman.jim@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>A few years back one of the PHENIX devs referenced Amdahl&#39;s Law and how it affects the performance of PHENIX: <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Amdahl&#39;s_law" target="_blank">https://en.wikipedia.org/wiki/Amdahl&#39;s_law</a></div><div><br></div><div>Even though some parts of the refinement are done in parallel on multiple processors, the really time-consuming calculations are done in serial, which ends up governing the overall speed of the process.</div><div><br></div><div>I have found that Intel Haswell-class processors like the Core i7 4770 perform refinements significantly speedier than our brand new 12-core Xeon server that is less than 6 months old.  So it is my naive guess that getting the fastest &quot;single processor performance&quot; will get you maximal refinement speeds on PHENIX.</div><div><br></div><div>If you want to up the ante a bit more, you can always try overclocking with <a href="http://valid.canardpc.com/240rw0" target="_blank">liquid nitrogen to hit 7.2 Ghz</a>.</div><div><br></div><div>Cheers, Jim</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Wed, Jun 24, 2015 at 8:20 AM, Colin Levy <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:C.Levy@manchester.ac.uk" target="_blank">C.Levy@manchester.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div>



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
<div>Apologies for the slightly off topic question.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am configuring a Linux workstation and would like your thoughts on an optimal setup for running Phenix. A lot of my computing time is spent in refinement and I am keen to put something together that will see a considerable increase in speed from my creaking
 Mac Pro (2 2.4GHz Quad core Intel Xeon with 24Gb RAM).</div>
<div><br>
</div>
<div>Many thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>Colin</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><span style="font-family:Helvetica;font-size:medium"><font color="#ff0806" size="4">M</font>anchester</span></div>
<div><span style="font-family:Helvetica">
<div style="font-size:medium;word-wrap:break-word">
<font color="#ff0806" size="4">P</font>rotein</div>
<div style="font-size:medium;word-wrap:break-word">
<font color="#ff0806" size="4">S</font>tructure</div>
<div style="font-size:medium;word-wrap:break-word">
<font color="#ff0806" size="4">F</font>acility</div>
<div style="font-size:medium;word-wrap:break-word">
<br>
<div>Dr. Colin W. Levy</div>
<div>MIB G034</div>
<div>Tel.  0161 275 5090</div>
<div>Mob.07786 197 554<br>
<a href="mailto:c.levy@manchester.ac.uk" target="_blank">c.levy@manchester.ac.uk</a><br>
</div>
</div>
</span></div>
</div>
</div>

<br></div></div>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><span><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Jim Fairman, Ph D.<br>Group Leader I - Crystallography<br><div><a href="http://www.be4.com" target="_blank">Beryllium</a></div><div>Tel: <a href="tel:206-780-8914" value="+12067808914" target="_blank">206-780-8914</a></div><div>Cell: <a href="tel:240-479-6575" value="+12404796575" target="_blank">240-479-6575</a></div><div>E-mail: <a href="mailto:fairman.jim@gmail.com" target="_blank">fairman.jim@gmail.com</a> <a href="mailto:jfairman@be4.com" target="_blank">jfairman@be4.com</a></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Jim Fairman, Ph D.<br>Group Leader I - Crystallography<br><div><a href="http://www.be4.com" target="_blank">Beryllium</a></div><div>Tel: 206-780-8914</div><div>Cell: 240-479-6575</div><div>E-mail: <a href="mailto:fairman.jim@gmail.com" target="_blank">fairman.jim@gmail.com</a> <a href="mailto:jfairman@be4.com" target="_blank">jfairman@be4.com</a></div></div></div></div></div>
</div>