<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear Pavel,</div><div><br></div><div>The other&nbsp;question is, if we convert mrc file to mtz file by phenix.map_to_structure_factors and then run the GUI phenix refine, in&nbsp;the refilne output, it indicates the FOFCWT map is much much stronger than then 2FOFCWT map, as shown by Coot, for this reason I doubt the correctness of&nbsp; the GUI phenix refine for this purpose. Can you explain why?</div><div><br></div><div>Smith</div><div><br><br><br><br><br></div><div style="position: relative; -ms-zoom: 1;"></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><div><br></div>At 2015-07-11 09:41:48, "Pavel Afonine" &lt;pafonine@lbl.gov&gt; wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;">
  
    
  
  
    <br>
    <blockquote cite="mid:614fae2a.1d06.14e7a683871.Coremail.smith_liu123@163.com" type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.7; font-family: Arial; font-size: 14px;">&nbsp;
        Is any software convert mtz file into mrc file (for viewing in
        chimera)?</div>
    </blockquote>
    <br>
    phenix.mtz2map .<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:614fae2a.1d06.14e7a683871.Coremail.smith_liu123@163.com" type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.7; font-family: Arial; font-size: 14px;">
        <div>&nbsp;In addition, by mrc file I can run
          phenix,real_space_refine very nicely. But for knowledge
          gaining purpose, I convert a mrc file to a mtz file by
          phenix.map_to_structure_factors, and then run the GUI&nbsp;phenix
          refine with the phenix.map_to_structure_factors converted mtz
          file (from mrc) file and a model PDB (from mrc), first the
          GUI&nbsp;phenix refine will give very high Rwork and Rfree,
          secondly the mtz output density by GUI&nbsp;phenix looks does not
          fit the initial mrc&nbsp;density at all, thus the pdb models given
          by phenix,real_space_refine and GUI&nbsp;phenix refine seem
          strongly different.
        </div>
        <div>&nbsp;</div>
        <div>Is any way to get similar pdb models by
          phenix,real_space_refine and GUI&nbsp;phenix refine?<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Results should be similar, in general without doing anything
    special.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  

</blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>