<div dir="ltr">Hi Pavel,<div><br></div><div>Thank you very much for the information. It works in my Phenix!</div><div><br></div><div>Xiao<br><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 13, 2015 at 5:09 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Xiao,<br>
<br>
if you use the command line to run programs then the line you quoted illustrates how to change the temperature.<br>
<br>
If you are using the GUI, for Cartesian SA:<br>
<br>
Refinement settings -&gt; All parameters -&gt; Advanced -&gt; Simulated annealing<br>
<br>
for torsion SA:<br>
<br>
Refinement settings -&gt; All parameters -&gt; Advanced -&gt; Torsion angle dynamics<br>
<br>
This will pop up a window where you can change the default temperature.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Pavel</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 7/13/15 16:50, Xiao Lei wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Phenixbb members,<br>
<br>
I&#39;m learning phenix this days. I use phenix refinement and found there is a simulated annealing option (SA Cartesian or SA torsion option). However, I found the SA cartesian starts at 5000K and SA torsion starts at 2500K by default, and I&#39;d like to change the starting temperature by myself.  I search phenix manual and found:<br>
<br>
To change starting SA temperature:<br>
<br>
% phenix.refine data.hkl model.pdb simulated_annealing=true \<br>
  strategy=individual_sites simulated_annealing.start_temperature=10000<br>
<br>
<br>
I do not understand this, does this mean I have to type the above command in somewhere in phenix? is there a place I can simply put SA start temperature numbers in?<br>
<br>
Xiao<br>
<br>
</blockquote>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>