<div dir="ltr">Dear Phenixbb members,<div><br></div><div>I&#39;m learning phenix this days. I use phenix refinement and found there is a simulated annealing option (SA Cartesian or SA torsion option). However, I found the SA cartesian starts at 5000K and SA torsion starts at 2500K by default, and I&#39;d like to change the starting temperature by myself.  I search phenix manual and found:</div><div><br></div>To change starting SA temperature:<br><br>% phenix.refine data.hkl model.pdb simulated_annealing=true \<br>  strategy=individual_sites simulated_annealing.start_temperature=10000<br><br><div><br></div><div>I do not understand this, does this mean I have to type the above command in somewhere in phenix? is there a place I can simply put SA start temperature numbers in?</div><div><br></div><div>Xiao</div><div><br></div><div><br></div></div>