<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear all, &nbsp; <br>Although Custom geometry restrains was added (see log). After phenix refine, the link record was lost and there seem no bond between this two atoms (1.44 angstrom).<br>Do you think this is a real bond? How to maintain this record?<br>Any comment is appreciated!<br>Best regards!<br><br>Data resolution: 2.4<br>Phenix version:v2.7<br><br>phenix refine log:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ======================== Summary of geometry restraints =======================<br><br>&nbsp; Number of disulfides: simple=1, symmetry=0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Simple disulfide: pdb=" SG&nbsp; CYS A 482 " - pdb=" SG&nbsp; CYS A 484 " distance=2.04<br>&nbsp; Custom bonds:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; bond:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom 1: "ATOM&nbsp;&nbsp; 1205&nbsp; OG&nbsp; SER A 265 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom 2: "HETATM 3413&nbsp; C23 AIX A 700 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; symmetry operation: x,y,z<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; distance_model:&nbsp;&nbsp; 1.339<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; distance_ideal:&nbsp;&nbsp; 1.330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ideal - model:&nbsp;&nbsp; -0.009<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; slack:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; delta_slack:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.009<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Total number of custom bonds: 1<br>&nbsp; Time building geometry restraints manager: 0.20 seconds<br><br>pdb file LINK record:<br>LINK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp; SER A 265&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C23 AIX A 700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1555&nbsp;&nbsp; 1555&nbsp;&nbsp; <br><br></div><br><div style="position:relative;zoom:1">--<br><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;"><br></div><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">Lu Zuokun, Ph.D. Candidate</div><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">College of Life Science, Nankai University</div><div style="clear:both"></div></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>