<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><br><div>Dear Pavel and Nigel,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I can see:<br><br></div>bond pdb=" OG&nbsp; SER A 265 "<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb=" C23 AIX A 700 "<br>&nbsp; ideal&nbsp; model&nbsp; delta&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp; weight residual<br><div>&nbsp; 1.330&nbsp; 1.339 -0.009 2.00e-01 2.50e+01 2.16e-03<br><br>I think this bond is what I want.<br><br>If I want to _see_ this bond in graphical tool, like coot or pymol, Do I have to add a link record in PDB?<br><br>You are right Nigel, I made a mistake of&nbsp; python and Phenix version.<br><br>Best withes!<br>Lu<br><br></div><div style="position:relative;zoom:1">--<br><br><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">Lu Zuokun, Ph.D. Candidate</div><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">College of Life Science, Nankai University</div><div style="clear:both"></div></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><br>�� 2015-07-16 14:21:24��"Pavel Afonine" &lt;pafonine@lbl.gov&gt; д����<br> <blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
  
    
  
  
    All connectivity information is in .geo file: check it to see if the
    bind in question is present there.<br>
    phenix.refine does not read/write LINK records given that all info
    is in .geo file, and input (custom) linking is specified via custom
    bonds using atom selection syntax (or clicking in the GUI).<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 7/15/15 18:04, luzuok wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:46b7ca4c.1227a.14e9464638f.Coremail.luzuokun@126.com" type="cite">
      <div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">
        <div>Dear all, &nbsp; <br>
          Although Custom geometry restrains was added (see log). After
          phenix refine, the link record was lost and there seem no bond
          between this two atoms (1.44 angstrom).<br>
          Do you think this is a real bond? How to maintain this record?<br>
          Any comment is appreciated!<br>
          Best regards!<br>
          <br>
          Data resolution: 2.4<br>
          Phenix version:v2.7<br>
          <br>
          phenix refine log:<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp; ======================== Summary of geometry restraints
          =======================<br>
          <br>
          &nbsp; Number of disulfides: simple=1, symmetry=0<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp; Simple disulfide: pdb=" SG&nbsp; CYS A 482 " - pdb=" SG&nbsp; CYS A
          484 " distance=2.04<br>
          &nbsp; Custom bonds:<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp; bond:<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom 1: "ATOM&nbsp;&nbsp; 1205&nbsp; OG&nbsp; SER A 265 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; "<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom 2: "HETATM 3413&nbsp; C23 AIX A 700 .*.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; "<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; symmetry operation: x,y,z<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; distance_model:&nbsp;&nbsp; 1.339<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; distance_ideal:&nbsp;&nbsp; 1.330<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ideal - model:&nbsp;&nbsp; -0.009<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; slack:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; delta_slack:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.009<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2000<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp; Total number of custom bonds: 1<br>
          &nbsp; Time building geometry restraints manager: 0.20 seconds<br>
          <br>
          pdb file LINK record:<br>
          LINK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp; SER A 265&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C23 AIX A 700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
          1555&nbsp;&nbsp; 1555&nbsp;&nbsp; <br>
          <br>
        </div>
        <br>
        <div style="position:relative;zoom:1">--<br>
          <div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft
            Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height:
            19.992000579834px;"><br>
          </div>
          <div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft
            Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height:
            19.992000579834px;">Lu Zuokun, Ph.D. Candidate</div>
          <div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft
            Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height:
            19.992000579834px;">College of Life Science, Nankai
            University</div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <br>
      <span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span><br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  

</blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>