<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Lu,<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:2c4c950b.52c7.14e9a01752b.Coremail.luzuokun@126.com"
      type="cite">
      <div
        style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">
        <div>    The serine contains no H atoms and the ligand has H
          atoms in the PDB file. How do Phenix refine deal with this two
          kind of H atoms at nearly the same place?<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    phenix.refine is a refinement program, not model building. It will
    attempt to refine whatever you give it, good or garbage, and, in
    case of garbage in, expect garbage out, typically.<br>
    <br>
    So if you have that H that given the new bond should go, then you
    should delete it. Perhaps we should detect such cases automatically
    and deal with them seamlessly (thoughts, Nigel?) but at present it
    appears to me as the next level of sophistication that we haven't
    gotten to yet.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:2c4c950b.52c7.14e9a01752b.Coremail.luzuokun@126.com"
      type="cite">
      <div
        style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">
        <div>I have deleted the H atoms of the ligand, and refined
          again. The coordinate is reasonable without H atoms being
          seen. <br>
          So, I think the simplest way is to delete all H atom in such
          resolution.<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Yes, this is true.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:2c4c950b.52c7.14e9a01752b.Coremail.luzuokun@126.com"
      type="cite">
      <div
        style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">
        <div>Best wishes!<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Likewise!<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>