<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear Pavel,</div><div><br></div><div>Related to Joel's question, suppose the resolution is about 2-3 A, and I have added H (should be modelled "H"£İfor the refinement. If I want to measure the H-bond&nbsp;length between the NE2 and H of OH of Tyr, I need to measure the distance between NE2 and the "modelled H" of OH of Tyr. Is this "modelled H" position reliable for the length measurement of the H-bond?</div><div><br></div><div>Best regards.</div><div><br></div><div>Smith<br><br><br><br><br></div><div style="position: relative; -ms-zoom: 1;"></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><div><br></div>At 2015-07-22 10:04:39, "Pavel Afonine" &lt;pafonine@lbl.gov&gt; wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;">
  
    
  
  
    Hi Joel,<br>
    <br>
    as was suggested main.nqh_flips=False should disable this. <br>
    <br>
    However I'm puzzled about this. NQH flips functionality is designed
    to flip these residues such that the clashes are minimized and
    plausible H-bonding is achieved. So I wonder why it is not working
    in your case?<br>
    <br>
    Would it be possible to send me input files (off list) so that I can
    reproduce this and investigate. Also please indicate HIS in
    question.<br>
    <br>
    Thanks,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 7/21/15 02:07, Joel Tyndall wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:0DDD35E86921D947AFE9571F16DA7D6B2F707995@ITS-EXM-P05.registry.otago.ac.nz" type="cite">
      
      
      <style><!--

_font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
_font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}

p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        mso-fareast-language:EN-US;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:#0563C1;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:#954F72;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Times New Roman",serif;
        color:windowtext;
        font-weight:normal;
        font-style:normal;
        text-decoration:none none;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
_page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span>Hi all,<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span>We are trying to optimise a histidine
            interaction where NE2 would ideally make a hydrogen bond
            with an adjacent tyrosine hydroxyl. The starting point
            contains the hydrogen bond. However upon refinement the ring
            flips (chi2 x 180 degrees) to place the CE1 adjacent to the
            tyrosine hydroxyl.
            <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span>Is it possible to stop this as I see no
            reason why phenix.refine would want to do this<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span>Regards<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span>Joel</span><br>
        </p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  

</blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>