<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Edwin,<br>
    <br>
    it's hard to tell without seeing the files. If you send me your most
    current model and data then I can have a look.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 7/24/15 14:13, Edwin Lazo wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:55B2AA70.3040204@bnl.gov" type="cite">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      Hi all,<br>
      <br>
      I am refining a structure that diffracted to 3.5 Angstroms and
      contains 6 monomers in the ASU. It is noteworthy to mention, in
      certain monomers, half their residues are missing (in other words
      no density). Initial b-factors after molrep were 118.585, R=0.32,
      and Rfree=0.40. Initial refinement was done with refmac and:<br>
      <br>
      <tt>mean b-value=117.344</tt><tt><br>
      </tt><tt>R=0.31</tt><tt><br>
      </tt><tt>Rfree=0.40</tt><br>
      <br>
      Refinement with Phenix
      (phenix-installer-dev-2054-intel-linux-2.6-x86_64-centos5) was
      performed and the Ramachandran plot was bad:<br>
      <br>
      <tt>OUTLIERS : 6.52  %</tt><tt><br>
      </tt><tt>ALLOWED  : 13.67 %</tt><tt><br>
      </tt><tt>FAVORED  : 79.82 %</tt><tt><br>
      </tt><tt>ROTAMER OUTLIERS : 7.18 %</tt><tt><br>
      </tt><tt>CBETA DEVIATIONS : 8</tt><br>
      <br>
      And <tt>final R=0.38</tt> and <tt>Rfree=0.41</tt>.<br>
      <br>
      I then improved Ramachandran plot in coot and follow Pavel's
      suggestion:<br>
      <br>
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <pre style="color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 1; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><i> - add H atoms:
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> phenix.reduce model.pdb &gt; model_H.pdb
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> - then run a quick geometry regularization: <b>(</b><b>T</b><b>his part I </b><b>did in coot. phenix.</b><b>pdb</b><b>tools model_H.pdb --geom and phenix.pdbt</b><b>ools model_H.pdb --geometry</b><b>-</b><b>restraints do not work)</b>
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> phenix.pdbtools model_H.pdb --geom
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> - then strip off H:
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> phenix.reduce -trim model_H_regularized.pdb &gt; start.pdb
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> - then run refinement using NCS and Ramachandran plot restraints:
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> phenix.refine start.pdb def_data.mtz main.ncs=true --overwrite
</i>&gt;&gt;<i> output.prefix=def2 main.number_of_mac=5 ramachandran_restraints=true
</i>&gt;&gt;<i> rama_potential=emsley strategy=individual_sites+**individual_adp
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> - then take outcome of previous refinement and run the same refinement
</i>&gt;&gt;<i> plus weights optimization:
</i>&gt;&gt;<i>
</i>&gt;&gt;<i> phenix.refine def2_001.pdb def_data.mtz main.ncs=true --overwrite
</i>&gt;&gt;<i> output.prefix=def3 main.number_of_mac=5 ramachandran_restraints=true
</i>&gt;&gt;<i> rama_potential=emsley strategy=individual_sites+**individual_adp
</i>&gt;&gt;<i> optimize_xyz=true nproc=6

</i><font face="sans-serif">My current stats are as follows:

</font><tt>Final R=0.35</tt><tt>
</tt><tt>Final Rfree=0.38</tt><tt>
</tt><tt>ALL-ATOM CLASHSCORE : 173.74</tt><tt>
</tt><tt>RAMACHANDRAN PLOT:</tt><tt>
</tt><tt>OUTLIERS : 2.27  %</tt><tt>
</tt><tt>ALLOWED  : 4.61  %</tt><tt>
</tt><tt>FAVORED  : 93.13 %</tt><tt>
</tt><tt>ROTAMER OUTLIERS : 36.26 %</tt><tt>
</tt><tt>CBETA DEVIATIONS : 6</tt><tt>
</tt><tt>Wilson B-Value: 108.4</tt><tt>
</tt><tt>Mean B-value: 108.997</tt><font face="sans-serif">

I am unsure how to proceed from here. I am planning on removing some side chains which have no density and then refining with Rama. restraints.

I can also send my mtz and pdb if that would help.

The stats when I processed the data are as follows from xia2 -3d (xds, xscale):

</font><tt>High resolution limit                             3.50         15.65          3.50</tt><tt>
</tt><tt>Low resolution limit                            109.96        109.96          3.59</tt><tt>
</tt><tt>Completeness                                     94.1         90.5         91.5</tt><tt>
</tt><tt>Multiplicity                                      4.8          5.1          3.2</tt><tt>
</tt><tt>I/sigma                                          11.3         26.5          2.4</tt><tt>
</tt><tt>Rmerge                                          0.118        0.068        0.458</tt><tt>
</tt><tt>Rmeas(I)                                        0.144        0.080        0.605</tt><tt>
</tt><tt>Rmeas(I+/-)                                     0.144        0.083        0.584</tt><tt>
</tt><tt>Rpim(I)                                         0.062        0.036        0.311</tt><tt>
</tt><tt>Rpim(I+/-)                                      0.081        0.047        0.358</tt><tt>
</tt><tt>CC half                                         0.992        0.994        0.791</tt><tt>
</tt><tt>Wilson B factor                                 90.052</tt><tt>
</tt><tt>Anomalous completeness                           86.9         93.6         71.3</tt><tt>
</tt><tt>Anomalous multiplicity                            2.4          3.0          1.8</tt><tt>
</tt><tt>Anomalous correlation                           -0.262        -0.440        -0.052</tt><tt>
</tt><tt>Anomalous slope                                 1.005        0.000        0.000</tt><tt>
</tt><tt>Total observations                              169836        2234        7765</tt><tt>
</tt><tt>Total unique                                    35071        442        2464</tt><tt>
</tt><tt>Assuming spacegroup: P 21 21 21</tt><tt>
</tt><tt>Unit cell:</tt><tt>
</tt><tt>73.010 180.780 219.910</tt><tt>
</tt><tt>90.000  90.000  90.000</tt><font face="sans-serif">

</font></pre>
      Any help would greatly be appreciated,<br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Edwin Lazo
Scientific Associate 
Life Science and Biomedical Technology Research Resource
National Synchrotron Light Source II Building 745
Upton, NY 11973
Office:(631)344-7247
Fax:(631)344-5059</pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>