<div dir="ltr"><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,&#39;Segoe UI&#39;,&#39;Segoe WP&#39;,Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:15px">We are currently trying to build a model that has a nonstandard ligand that is covalently bonded to two peptide chains.  We&#39;ve placed the ligand and linked it using Coot, but phenix.refine keeps removing the links.  We generated the restraints using Elbow and wrote the .edits file using phenix.link_edits, but phenix.refine is still removing the links.  We also tried turning on automatic ligand linking in phenix.refine, but that didn&#39;t work either.  Any advice?<br><br></div><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,&#39;Segoe UI&#39;,&#39;Segoe WP&#39;,Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:15px">Thanks.</span><br><div><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,&#39;Segoe UI&#39;,&#39;Segoe WP&#39;,Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:15px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:wf_segoe-ui_normal,&#39;Segoe UI&#39;,&#39;Segoe WP&#39;,Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:15px">Courtney</span></div></div>