
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yui_3_16_0_1_1437956031803_5593" dir="ltr">I added a Cu(II) ion in a blob of density using Coot (this metal is used in crystallization solution). When I refined using phenix, I noted that occupancy does not change from the arbitrary value that I set in Coot, and negative density remains when refinement is complete. When I manually adjust occupancy to 0.3, phenix changes it to 0.29, and no negative density is seen, however B-factor does not move from my arbitrary setting of 30 in Coot. I worry if something is wrong in my refinement strategy. I thank any suggestion.</div><div id="yui_3_16_0_1_1437956031803_5593" dir="ltr">Some additional information: my mtz is merged F's, resolution is 1.3 A, refinement strategy includes XYZ coordinates, Occupancies and Individual B-factors.</div><div id="yui_3_16_0_1_1437956031803_5593" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1437956031803_5593" dir="ltr">Ezequiel</div><div id="yui_3_16_0_1_1437956031803_5593" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1437956031803_5593" dir="ltr"><br></div></div></body></html>