<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3035">  Dear All,</div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3101"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3071" dir="ltr">I first run a default phenix.real_space_refine with the map and initial model, with the model got, I run phenix.real_space_refine&nbsp; with run=adp, I find for the second phenix.real_space_refine step with run=adp, it can gives a reasonable value of b-factors for each residues in the model, and it cannot modify the coordinates of any atoms in the model (in comparison with the model got by the default phenix.real_space_refine in the first step).</div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3291" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3290" dir="ltr">I just read&nbsp;a Nature paper from David Baker group "Atomic-accuracy models from 4.5-Å cryo-electron microscopy data with density-guided iterative local refinement", it says "<font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3212" size="2">Because cryo-EM maps are frequently better in resolution in some regions than others, atomic </font><i id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3213"><font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3214" face="Minion Pro,Minion Pro" size="2"><font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3215" face="Minion Pro,Minion Pro" size="2">B </font></font></i><font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3216" size="2">factors are fit against cryo-EM density data to maximize the real-space correlation between model and map".</font></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3318" dir="ltr"><font></font><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3319" dir="ltr"><br></div><font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3325" size="2"><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3319" dir="ltr">For <font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3331" size="2">Real-space </font><i id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3332"><font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3333" face="Minion Pro,Minion Pro" size="2"><font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3334" face="Minion Pro,Minion Pro" size="2">B</font></font></i><font id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3335" size="2">-factor refinement, the math functions used by that Nature paper include,</font></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3369" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3355" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3319" dir="ltr">&nbsp;<img id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3378" style="width: 338px; min-height: 61px;" alt="" src="http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n4/images/nmeth.3286-M1.gif" data-id="849e607c-be65-d3c1-ea5f-9a3495f8ccf7"> </div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3382" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3383" dir="ltr">( <i id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3384">f</i> is a scattering factor fit to each element)</div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3395" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3394" dir="ltr"><br></div></font><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3319" dir="ltr">&nbsp;<img id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3404" style="width: 303px; min-height: 53px;" alt="" src="http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n4/images/nmeth.3286-M2.gif" data-id="afc4007f-e817-ee3e-40d4-4ce42db1ab76"> </div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3405" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3406" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3407" dir="ltr"><img id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3418" style="width: 410px; min-height: 51px;" alt="" src="http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n4/images/nmeth.3286-M3.gif" data-id="dcc4b7db-c7ed-6029-e944-e7e10436e06b">&nbsp;</div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3419" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3420" dir="ltr"><img id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3421" style="width: 402px; min-height: 51px;" alt="" src="http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n4/images/nmeth.3286-M4.gif" data-id="be0a3e04-654c-b7eb-1106-e257a799eb59">&nbsp;</div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3422" dir="ltr"><img id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3433" style="width: 250px; min-height: 96px;" alt="" src="http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n4/images/nmeth.3286-M5.gif" data-id="7decc5c7-a500-a1ff-6249-178ff00cb959">&nbsp;</div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3464" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3423" dir="ltr">My question is, does b-factor refine only give a reasonable b-factor to each atom or residue &nbsp;in the model (so that we know the displacement of each atom or residue), or besides giving reasonable b-factor, it can also change and optimize the x y z coordinates of each atom in the model, and the&nbsp; phenomenon I observed in phenix.real_space_refine on that it only gives reasonable b-factor without modification of the x y z coordinates was only limited to the case I see in phenix.real_space_refine? </div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3534" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3536" dir="ltr">Best regards.</div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3535" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1439430627599_3545" dir="ltr">Smith</div></div></body></html>