<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear All,</div><div><br></div><div>Phenix.real_space_refine can give nice results, but I still want to refine it by phenix refine graphical interface so that the refined PDB by Phenix.real_space_refine&nbsp;&nbsp;can have a much better resolution PDB from crystal structure as a reference&nbsp;PDB for further refine by phenix refine GUI, in case a fragment of the sequence may adopt a sheet structure as the reference structure, rather than a&nbsp;loop structure as obtained by Phenix.real_space_refine.</div><div><br></div><div>When I use the phenix refine GUI for further refine, do I need to use electron scattering table, or I continue to use n-Gaussian scattering table? For the phenix refine GUI for this purpose, there will ne no necessity to click Optimized X-ray/sterochemistry weight and Optimize X-ray/ADP weight, as for it has no relationship with X-ray, am I right?</div><div><br></div><div>The phenix.map_to_structure_factors converted mtz file, should correspond to the 2FoFcWT file. In the phenix GUI refine process, it will calculate the FoFcWT file. But each time I tried the refine by phenix GUI related to phenix.map_to_structure_factors converted mtz file, the signal of the FoFcWT file was almost as&nbsp;strong as or even much stronger than the&nbsp; 2FoFcWT file, which was in strong contrast with the phenix refine based on the crystal mtz file. Will you please explain why for&nbsp; phenix.map_to_structure_factors converted mtz file, phenix GUI can give such high signal of FoFcWT file?</div><div><br></div><div>Best regards.</div><div><br></div><div>Smith<br></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><p><span style="font-size: 12px; line-height: 18px;"><a href="http://r.mail.163.com/r.jsp?url=http%3A%2F%2F1.163.com%2Fhd%2Foneact%2Fhdframe.do%3Fid%3D21%26from%3Dfooter_beauty&sign=817593681&_r_ignore_statId=7_13_79_48&_r_ignore_uid=nt@163.com" target="_blank">���ճ����������ױֻҪ1Ԫ</a></span></p></span>