<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear Pavel,</div><div><br></div><div>My cif file was for ATP, which was rather easily got by eLBOW as for the Phenix contains it in its library. Attached is the ATP.cif file I used.</div><div><br></div><div>In addition, I have run another 10 cycles of simulated_annealing+minimization_global, and the clash score was still 120 (too high).</div><div><br></div><div>Recently I fond for both the 1.9-1692 and 1.10.2155 version of phenix.real_spacea_refine, I got rather high clash score (higher than 20). In addition I found (recently?) the phenix.real_space_refine output PDB clash score was different from the Ramachandran clash score value. Is an possibility my Windows versions of &nbsp;phenix have something wrong?</div><div><br></div><div>I am looking forward to getting your further comment.</div><div><br></div><div>Smith<br><br><br><br><br></div><div style="position: relative; -ms-zoom: 1;"></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><div><br></div>At 2015-10-05 14:12:39, "Pavel Afonine" &lt;pafonine@lbl.gov&gt; wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;">
  
    
  
  
    Most likely wrong ligand CIF file.<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 10/4/15 21:51, Smith Liu wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:3b1997f3.57d9.1503657158a.Coremail.smith_liu123@163.com" type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.7; font-family: Arial; font-size: 14px;">
        <div>Dear All,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I have tried a phenix.real_space_refine with a ligand cif
          and without ligand cif (both with ligand PDB in the whole
          protein-ligand PDB for refine), I find with ligand cif in the
          input can lead to significant increase of the clash score for
          the refined PDB.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Will you please make comment on whether the clash score
          incensement by adding cif in the input was a general
          phenomenon, or only specific to my situation, and how to solve
          it?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Best regards.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Smith<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <pre>At 2015-10-05 02:14:28, "Pavel Afonine" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pafonine@lbl.gov">&lt;pafonine@lbl.gov&gt;</a> wrote:
&gt;Yes.
&gt;Pavel
&gt;
&gt;On 10/4/15 02:19, Smith Lee wrote:
&gt;&gt; Dear All,
&gt;&gt;
&gt;&gt; Does phenix.refine can process some ligands without the process by eLBOW, for example ATP, ADP,etc?
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; Smith
&gt;&gt; _______________________________________________
&gt;&gt; phenixbb mailing list
&gt;&gt; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
&gt;&gt; <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
&gt;&gt; Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a>
&gt;
&gt;_______________________________________________
&gt;phenixbb mailing list
&gt;<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
&gt;<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
&gt;Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a>
</pre>
      </div>
      <br>
      <br>
      <span title="neteasefooter">
        <p>&nbsp;</p>
      </span>
    </blockquote>
    <br>
  

</blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><p>&nbsp;</p></span>