<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>Hi Natalia,<br><br></div>Thanks for your use of MolProbity and your interest in improving models.  It means a lot to us.<br><br></div>As you have noted, MolProbity indeed does not accept .mtz files.  It accepts 3 file formats for electron density maps: OMAP, CCP4, and XPLOR.  Fortunately, Phenix can generate maps for you.<br><br></div>In the Phenix GUI, there are two relevant options under the &quot;Maps&quot; tab.  The first one, &quot;Calculate maps&quot;, can turn structure factors into .mtz or .ccp4 .  The second one, &quot;FFT map coefficients&quot;, can use a .mtz to generate a .ccp4 or a .xplor, and is probably the option you are looking for.<br><br></div>Someone more familiar with the Phenix commandline may be able to tell you how to generate maps from the commandline in a more scriptable way.<br><br></div>Hopefully this helps,<br></div>-Christopher Williams<br></div>---Richardson Lab, Duke University<br></div>