<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yiv4854416411"><div id="yui_3_16_0_1_1445183640836_2321"><div id="yui_3_16_0_1_1445183640836_2320" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><div><span></span></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4191">Dear Pavel,</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4147"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4204" dir="ltr">On Oct 9, 2015 I have e-mailed to you my experience with 1.9-1692 and version 1.10 (and 1.10.1) on phenix.real_space_refine.</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4238" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4291" dir="ltr">Today I just completed another protein phenix.real_space_refine. For the following comparison runs, the initial model same, the map same, all 5 macro_cycles default&nbsp; run.</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4239" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4240" dir="ltr">For version 1.10.1, the results were as following,</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4243" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4252" dir="ltr">Map CC (whole unit cell): 0.672</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4276" dir="ltr">Map CC (around atoms): 0.761</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4304" dir="ltr">rmsd (bonds): &nbsp;0.01</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4340" dir="ltr">rmsd (angles): 1.55</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4377" dir="ltr">All-atom clahscore: 39.27</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4404" dir="ltr">Ramachandran outlier: 0.98%</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4428" dir="ltr">Ramachandran allowed: 12.71%</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4473" dir="ltr">Ramachandran favoured: 86.31%</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4460" dir="ltr">Rotamer outliers: 0.91%</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4492" dir="ltr">C-beta deviations: 0</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4553" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4554" dir="ltr">For version 1.9-1692, the results were as following,</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4576" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4252" dir="ltr">Map CC (whole unit cell): 0.645</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4276" dir="ltr">Map CC (around atoms): 0.687</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4304" dir="ltr">rmsd (bonds): &nbsp;0.0071</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4340" dir="ltr">rmsd (angles): 1.15</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4377" dir="ltr">All-atom clahscore:16.88</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4404" dir="ltr">Ramachandran outlier: 2.00%</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4428" dir="ltr">Ramachandran allowed: 6.23%</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4473" dir="ltr">Ramachandran favoured: 91.77%</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4460" dir="ltr">Rotamer outliers: 0.05%</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4492" dir="ltr">C-beta deviations: 0</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4686" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4685" dir="ltr">For the&nbsp; version 1.10.1 phenix.real_space_refine, the most unacceptable was on the clashscore, the whole refine process seems did not&nbsp;care on the clashcore refine at all.</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4736" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4735" dir="ltr">I am looking forward to getting an explanation&nbsp;from you on the causes of the difference for phenix.real_space_refine for the 2 versions, and the possible&nbsp;strategy we can take to eliminate the difference to get the acceptable results.</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4761" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yui_3_16_0_1_1445183640836_2378" dir="ltr">Best regards.</div><div id="yui_3_16_0_1_1445183640836_2379" dir="ltr"><br clear="none"></div><div dir="ltr">Smith&nbsp;&nbsp;</div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4575" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4429" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4359" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4251" dir="ltr"><br clear="none"></div><div class="yiv4854416411qtdSeparateBR" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4222" dir="ltr"><br clear="none"><br clear="none"></div>  <div class="yiv4854416411yqt3144777915" id="yiv4854416411yqt46132"></div> </div></div></div><div class=".yiv4854416411yahoo_quoted"> <div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4164" style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4163" style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4162" dir="ltr"> <font id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4161" face="Arial" size="2"> On Friday, October 9, 2015 12:52 AM, Smith Lee &lt;smith_lee123@yahoo.com&gt; wrote:<br clear="none"> </font> </div>  <br clear="none"><br clear="none"> <div class="yiv4854416411y_msg_container" id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4168"><div id="yiv4854416411"><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4167"><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1445174093830_4166" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7108">  Dear Pavel,</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7109"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7110" dir="ltr">As I have told you, I have tried phenix.real_space_refine for 2 protein with version 1.9-1692 and version 1.10 (and 1.10.1) for many times, with cif or without cif, with or without annealing. The general feedback was that the version 1.9-1692 was much much better for the final analysis of the PDB given at the end of the run of the phenix.real_space_refine. Especially for clashing score, version 1.9-1692 can gave acceptable results (below 20 or around 20), but the clashing score given by the above 2 new versions of phenix.real_space_refine was very&nbsp;high (around 50 or 100). For C-beta&nbsp;deviations, &nbsp;the output by 1.9-1692 was also much better</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7252" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7253" dir="ltr">Before I have tried the other nightly built versions of phenix.real_space_&nbsp;refine between version 1.9-1692 and version 1.10 (and 1.10.1) , all I gave acceptable output analysis (something like the Molprobity analysis at the end of the run).</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7321" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7322" dir="ltr">Thus may I ask the reason you have version 1.10 (and 1.10.1) phenix.real_space_refine was because you have realized that the result given by version 1.9-1692 was too satisfactory?</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7348" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7349" dir="ltr">One direct concern of me was that you have recommended not to use the old version phenix. But I cannot get the satisfactory result with the new version phenix.real_space_refine.</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7397" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7396" dir="ltr">The other concern of me was that, I have noticed there were publications In Nature and Science which wrote they use phenix.real_space_refine to got the results in Nature and Science. The Phenix they used should be the versions earlier than version 1.10. Considering&nbsp;what I mentioned above, the Nature and Science results may be not so correct, if new version of phenix was considered as much better than the old version.</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7458" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7434" dir="ltr">Thus am I the only user who communicated with you on the high clashing score given by the new version of phenix?Can you give some comments on what I mentioned above on the high clashing score given by the new version phenix.real_spac_refine?</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7468" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7467" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7466" dir="ltr">Best regards.</div><div dir="ltr"><br clear="none"></div><div dir="ltr"><br clear="none"></div><div dir="ltr">Smith</div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7449" dir="ltr"><br clear="none"></div><div id="yiv4854416411yui_3_16_0_1_1444285745936_7450" dir="ltr">&nbsp;</div></div></div></div><br clear="none"><br clear="none"></div>  </div> </div>  </div></div></body></html>