<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Irina,<br>
    <br>
    meaningfulness of what you are trying to do mostly depends on data
    resolution. If data resolution is better than 3A then it is all good
    to refine individual isotropic B factors of all atoms. Since Os is
    electron-rich compared to the rest it may be good to refine
    anisotropic B for Os only (isotropic for the rest). I don't think
    you need to refine group B. Yes, you need to refine all -
    coordinates, B and likely occupancies of Os. Error in one of these
    parameters will go into other parameters. R-factors 25/34 is not
    good so I guess you are using incorrect refinement strategy and/or
    model parametrization.<br>
    <br>
    If you send me model and data and ligand cif files (if any) off-list
    I might be able to suggest something that may work better.<br>
    <br>
    A good approach is to run with all defaults first, and then if not
    satisfied with results try to find a better way.<br>
    <br>
    Good luck,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 10/11/15 09:18, Irina PROKHOROVA
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:1444580325958.61374@igbmc.fr" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none"><!--P{margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <p>Hello,</p>
      <p><br>
      </p>
      <p>I have many Osmium ions in my structure. They have 6
        coordinated ammonium groups and I would like to refine the
        B-factors for them: one B-factor for Os�in each residue�and�one
        B-factor�for�all 6 ammonium groups in each residue.
      </p>
      <p>For this I have chosen *group_adp with following syntax</p>
      <p><br>
      </p>
      <p>��� adp {<br>
        ���� group_adp_refinement_mode = one_adp_group_per_residue \<br>
        ��������������������������������� two_adp_groups_per_residue
        *group_selection<br>
        ����� group = chain O and element Os<br>
        ����� group = chain O and element N<br>
        ��� }<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>I wanted to refine only B-factor for Osmiums in this
        refinement. To avoid the bias from previously refined values of
        B-factor I presetted B-factors for all Osmiums to 50.<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>As a result I got the change of B-factors for all residues in
        the model to the same value (which probably means that all model
        was refined as one group) and R-free increased from 0.25 to
        0.34.</p>
      <p><br>
      </p>
      <p>What should be the correct syntax for this refinement?</p>
      <p>Should I also refine ions coordinates for a�good�refinement of
        B-factors?</p>
      <p><br>
      </p>
      <p>Irina<br>
      </p>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>