<div dir="ltr">Thanks guys. I am asking with phenix.reflection_file_converter because that is easier for me. I can make a for loop in the terminal without copying input files to multiple directories. <br><br>I can see that XDSCONV has by default NEGATIVE_INTENSITY_CUTOFF=-3. Does phenix.reflection_file_converter have a similar default?<br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-10-19 11:28 GMT-05:00 Whitley, Matthew J <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mjw100@pitt.edu" target="_blank">mjw100@pitt.edu</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Murpholino,<br>
<br>
I’m not sure if your Phenix commands are correct, but you might try using the program that comes natively with XDS for converting between file formats.  That program is XDSCONV.  (As a side note, I think that some of the XDSCONV functions require CCP4 to be installed, so if you don’t have CCP4 installed you might need to stick to converting with Phenix.)<br>
<br>
You can find step by step instructions for generating an MTZ file from XDS output under the “Typical Use” heading here:<br>
<a href="http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Xdsconv" rel="noreferrer" target="_blank">http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Xdsconv</a><br>
<br>
More info about XDSCONV:<br>
<a href="http://homes.mpimf-heidelberg.mpg.de/~kabsch/xds/html_doc/xdsconv_parameters.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://homes.mpimf-heidelberg.mpg.de/~kabsch/xds/html_doc/xdsconv_parameters.html</a><br>
<br>
Good luck!<br>
Matthew<br>
<br>
<br>
<br>
On Oct 19, 2015, at 12:16 PM, &lt;<a href="mailto:phenixbb-request@phenix-online.org">phenixbb-request@phenix-online.org</a>&gt; &lt;<a href="mailto:phenixbb-request@phenix-online.org">phenixbb-request@phenix-online.org</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Message: 5<br>
&gt; Date: Mon, 19 Oct 2015 11:16:17 -0500<br>
&gt; From: Murpholino Peligro &lt;<a href="mailto:murpholinox@gmail.com">murpholinox@gmail.com</a>&gt;<br>
<span class="">&gt; To: PHENIX user mailing list &lt;<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>&gt;<br>
&gt; Subject: [phenixbb] How to convert XDS_ASCII.HKL to MTZ<br>
</span>&gt; Message-ID:<br>
&gt;       &lt;CAMdBu0Uejh0k+Wih1KaF+c=<a href="mailto:FRJ3fKg%2BLhQrfuGhUs1tJ8x8HwQ@mail.gmail.com">FRJ3fKg+LhQrfuGhUs1tJ8x8HwQ@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<span class="">&gt;<br>
&gt; Just want to be sure.<br>
&gt; I want to generate the mtz file for refinement. The last step of XDS leaves<br>
&gt; me with intensities and space group 89. So I need<br>
&gt;<br>
&gt; phenix.reflection_file_converter --generate-r-free-flags<br>
&gt; --write-mtz-amplitudes --mtz_root_label=FOBS --mtz=d01.mtz<br>
&gt; --change-to-space-group=96 XDS_ASCII.HKL<br>
&gt;<br>
&gt; Is this right?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks again<br>
</span>&gt; -------------- next part --------------<br>
&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt; URL: &lt;<a href="http://phenix-online.org/pipermail/phenixbb/attachments/20151019/265cad59/attachment.htm" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/pipermail/phenixbb/attachments/20151019/265cad59/attachment.htm</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------<br>
<span class="">&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</span>&gt; End of phenixbb Digest, Vol 119, Issue 7<br>
&gt; ****************************************<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>