<html><head></head><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6849">  Dear All,</div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6802"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6803" dir="ltr">My protein containing the ADP-AlF3-Mg. In the protein&nbsp; ADP-AlF3-Mg should be very close to each other so that they look like the ATP binding with the Mg. I have prepared the ADP.cif and the ALF3.cif, and have merged the 2 cif files with elbow.join_cif_files. However when I run phenix.real_space_refine with the merged cif file, there was a tendency that ADP, ALF3 and Mg separated from each other based on the map density, which seems did not comply with the prior knowledge on that ADP-AlF3-Mg should occupies the space of ATP-MG.</div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6896" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6897" dir="ltr">Will you please advice how to have ADP-AlF3-Mg occupies the space of ATP-MG rather than separated&nbsp;by the refine?</div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6915" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6914" dir="ltr">Best regards.</div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6913" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1445318982097_6912" dir="ltr">Smith</div></div></body></html>