<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear All,<br><br><br>I have it solved. The initial PDB was transformed from a VMD fdvd file. Its Ile contained a CD atom. Once changing CD to CD1, the error message disappears.<br><br>Smith<br></div><br><br><br><br><div style="position:relative;zoom:1"></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><br>At 2015-10-29 15:24:12, "Smith Lee" &lt;smith_lee123@yahoo.com&gt; wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2530">Dear All,</div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2662"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2661">When I run phenix.real_space_refine, in the rotamer restraints step I meet the following error message:</div><div><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2749">RuntimeError: rotatable bond atoms CG1-CD (as defined by tardy-tree): no match in rotamer-info.tor_ids <br></div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2750"><br></div><div>Will you please let me know how to overcome this error?</div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2751"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2752" dir="ltr">Best regards.</div><div dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2753" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1446103033766_2748" dir="ltr">Smith<br></div></div></blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><p>&nbsp;</p></span>