<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
Hi Kay,
<div><br>
<div>I think the file names can be anything...so I am not sure why it didn't work for your case. &nbsp;If you can find a RUN_FILE_xx.log where this happens and send that to me I can try to have a look.</div>
<div><br>
</div>
<div>On the other &nbsp;hand, if you are using a recent Rosetta v3.5 or later you do not need the fragment files any more, so that might be the best solution.</div>
<div><br>
</div>
<div>Let me know if that doesn't do it!</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>On Nov 10, 2015, at 1:07 PM, Perry, Kay H. wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; ">
I am trying to run rosetta for a heterodimer with two different chains.&nbsp; I have the following commands, but in some subprocesses, I get the error message: Sorry: Sorry, need 2 fragment files (3 and 9 residues) for rosetta_rebuild<br>
<br>
I have the following in my script:<br>
<br>
fragment_files_chain_list=V \<br>
fragment_files_chain_list=A \<br>
fragment_files_3_mer_by_chain=&quot;orfx3_03_05.200_v1_3&quot; \<br>
fragment_files_9_mer_by_chain=&quot;orfx3_09_05.200_v1_3&quot; \<br>
fragment_files_3_mer_by_chain=&quot;orfx1_03_05.200_v1_3&quot; \<br>
fragment_files_9_mer_by_chain=&quot;orfx1_09_05.200_v1_3&quot; \<br>
<br>
Do I need to have the chain ID in the filename?<br>
<br>
Kay<br>
<div><br>
<div style="font-family: Tahoma; font-size: 13px; "><font face="Helvetica" size="2"><span style="font-size: 10pt; ">Kay Perry<br>
NE-CAT<br>
9700 S. Cass Ave.<br>
Bldg. 436 E007<br>
Argonne, IL 60439<br>
630-252-0692</span></font></div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</body>
</html>