<div dir="ltr"><div>Greetings,</div><div><br></div><div>I would be very grateful if someone can help</div><div>me to explain in I can get F0-Fc omit maps of a particular</div><div>ligands using Phenix.</div><div>I am trying to generate an omit map </div><div>for the ligands in my protein model using the</div><div>composite omit map GUI feature of phenix version 1.10.1-2155.</div><div>I selected my ligands by using atom selection feature under the</div><div>map options(and in the omit map method I put refine). What map type I should give in the map types</div><div>input to get the F0-Fc maps. Currently I may getting a map</div><div>that look like my 2F0-Fc map that I got after my refinement.</div><div>Also, I have no waters in my model.</div><div>Can we define areas (boxes) around the ligand to generate</div><div>omit map of that particular region to get output  maps with densities</div><div>like Fo-Fc maps.</div><div><br></div><div>So many thanks in advance.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Manoj</div><div><br></div><div><br></div></div>