
<html><head></head><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yiv7446656312"><div id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7406"><div id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7405" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;"><div id="yiv7446656312yui_3_16_0_1_1450133203464_3271"><div id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7704">Thank you very much, Pavel. I don't save H's when I modify the model in coot (the input PDB file that I sent you was the output from coot). I did the refinement again, now in version 2247, without NCS. I got the same results, higher R factors and RMS deviations for the newer version. I got better results when I used "update waters" (both in Rfactors and RMS). Below, I list the statistics for refinement without updating waters. Significant differences remain. Could it be any difference in settings of default parameters between versions?<br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7801">version: dev-2247<br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7735">Start: r_work = 0.1687 r_free = 0.2011 bonds = 0.046 angles = 1.321<br class="" id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7799">Final: r_work = 0.1753 r_free = 0.2040 bonds = 0.030 angles = 0.593<br></div><div id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7686" dir="ltr">version: 1.9-1692<br></div><div id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7702" dir="ltr">Start: r_work = 0.1651 r_free = 0.2018 bonds = 0.013 angles = 1.409<br class="" id="yui_3_16_0_1_1450197484812_7685">Final: r_work = 0.1663 r_free = 0.2017 bonds = 0.011 angles = 1.321<br></div></div></div></div></div></div></body></html>