<div dir="ltr"><p dir="ltr">Hello,</p>
<p dir="ltr">Is abinitio model building possible for a map with poly alanine model at 1.9A resolution?</p>
<p dir="ltr">We thought we had crystallised our protein of interest X, collected data at 1.9 A and all attempts to solve protein X (which has many homologs) through MR failed.  All attempts to re-crystallise the same protein also failed.  </p>
<p dir="ltr">Now, we think the initial protein which got crystallised could be a contaminant (we don&#39;t have any crystals left from this batch to check for the sequence of the crystallised protein).  Through various methods (and a bit of luck) we have arrived at a decent map with LLG : 3600 and TFZ: 22 and R/Rfree : 37/41 (for a poly alanine model).</p>
<p dir="ltr">I believe these scores indicate right fold.  As I still don&#39;t know the sequence information, is it possible to build sidechains directly from the map (I could only identify a couple of residues and the model largely remains PolyAla)?  Autobuild with Rebuild-in-place didn&#39;t help in identifying any more residues.</p>
<p dir="ltr">I have also searched PDB database for similar structures. But, none of those are either from our expression system (E. coli) or organism of our protein of interest. Neither did I find any similar sequences from E. coli or our organism of interest.<br></p>
<p dir="ltr">Any leads/suggestions would be helpful.<br>
Thanks, <br>
Kaushik,<br>
MRN Murthy lab,<br>
MBU,<br>
IISc, India</p>
<p dir="ltr">-- <br>
<font color="#999999">Stupidity is everyone’s birthright.  However, only the learned exercise it!</font><br>
<font color="#999999">--Kaushik (28Oct2014)</font></p>
</div>