<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi Oliver,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Out of curiosity:</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.&nbsp;what kind of R-factors and CC-values&nbsp;do you get when refining against the two different pixel size?&nbsp;<br>
</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2. how different are your refined pixel sizes from one reconstruction to another?<br>
</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&#8203;3. how much of an affect does the wrong pixel size have on your downstream structure analysis (e.g. BDA,&nbsp;ASA, electrostatic...)?&nbsp;</p>
<p><br>
</p>
<p>Best wishes,<br>
Reza<br>
<br>
</p>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor&nbsp;</div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
<div style="color: rgb(33, 33, 33);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of Oliver Clarke &lt;olibclarke@gmail.com&gt;<br>
<b>Sent:</b> Monday, February 8, 2016 4:28 AM<br>
<b>To:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Refine pixel size of map (for EM data)?</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Hello,<br>
<br>
</div>
I wonder whether it would be possible to add an option for phenix.real_space_refine to allow refinement of the pixel size of the map (or the unit cell dimensions - just an overall size scale factor), and write out the altered map at the end of refinement.<br>
<br>
Although we try to calibrate this as best as we are able at the time of data collection, it is never perfect - for example, in one case I have dealt with, our nominal pixel size out of the scope is 1.19 �, but the pixel size calibrated based on a crystal structure
 of a fragment of the protein is 1.25 �. This is not a huge difference, but it is sufficient I think to have a substantial impact on refinement, particularly as regards clash assessment and H-bond/sec struc restraints.
<br>
<br>
In cases where one does not have a solved crystal structure to use for calibration, perhaps refining the pixel size in conjunction with the geometry might be of some use?<br>
<br>
</div>
<div>Cheers,<br>
</div>
<div>Oli<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>