<div dir="ltr"><div><div>Hello,<br><br></div>I wonder whether it would be possible to add an option for phenix.real_space_refine to allow refinement of the pixel size of the map (or the unit cell dimensions - just an overall size scale factor), and write out the altered map at the end of refinement.<br><br>Although we try to calibrate this as best as we are able at the time of data collection, it is never perfect - for example, in one case I have dealt with, our nominal pixel size out of the scope is 1.19 Å, but the pixel size calibrated based on a crystal structure of a fragment of the protein is 1.25 Å. This is not a huge difference, but it is sufficient I think to have a substantial impact on refinement, particularly as regards clash assessment and H-bond/sec struc restraints. <br><br>In cases where one does not have a solved crystal structure to use for calibration, perhaps refining the pixel size in conjunction with the geometry might be of some use?<br><br></div><div>Cheers,<br></div><div>Oli<br></div></div>