<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>In continuation to my earlier thread (subject: sequence independent model building possible?), I have built model into density without knowledge of sequence for a data diffracted to 1.9A resolution.  Current R/Rfree is 15/19, phaser error=16.88 degrees with no Ramachandran outliers.</div><div><br></div><div>Is there a way we can differentiate between Glu/Gln, Asp/Asn and sometimes Thr/Val directly from density?  I have considered the local environment (hydrophobic/hydrophilic/polarity pockets, possible hydrogen bonds/other interactions, buried/exposed, etc...) in choosing one over the other confusing pairs of amino acids.  However, I am not absolutely certain in many places.</div><div><br></div><div>A BLAST of this sequence against all non-redundant protein sequence database yield highest hit of 80% sequence identity.  Hence, we are still not sure of sequence of the contaminant protein which got crystallised and want to decipher sequence directly from the structure.</div><div><div></div></div><div><br></div><div>Thanks for any pointers/suggestions,</div><div>Regards,</div><div>Kaushik</div><div><br></div><div>-- <br><div><div dir="ltr"><font color="#999999">Stupidity is everyone’s birthright.  However, only the learned exercise it!<br>--Kaushik (28Oct2014)</font></div></div>
</div></div>