<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Are you installing phenix from source or from a binary distribution? And which operating system are you using? I can give you the flags (in addition to the --prefix flag for installing into the base directory) for the configure step for either OS X or Linux.</div><div><br></div><div>You can basically install Phenix normally, and then recompile our Python from scratch with our regular flags and your extra flag.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div>--</div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Billy K. Poon</span><br></div></div><div>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div><div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div><div>Berkeley, CA 94720</div><div>Tel: (510) 486-5709</div><div>Fax: (510) 486-5909</div><div>Web: <a href="https://phenix-online.org" target="_blank">https://phenix-online.org</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 3, 2016 at 3:05 AM, acyang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:acyang0903@gmail.com" target="_blank">acyang0903@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi everyone<br><br></div>I&#39;ve installed pymol and phenix on my scientific linux7.1 workstation.<br></div>I can launch pymol via the launching script($PYMOL_HOME/pymol) normally.<br></div>But when I launched pymol in phenix GUI, I got some error as followed:<br>*********************************************************************************************************************************<br>Traceback (most recent call last):<br>  File &quot;/opt/PyMOL/modules/pymol/__init__.py&quot;, line 71, in &lt;module&gt;<br>    import pymol<br>  File &quot;/opt/PyMOL/modules/pymol/__init__.py&quot;, line 521, in &lt;module&gt;<br>    import pymol._cmd<br>ImportError: /opt/PyMOL/modules/pymol/_cmd.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_SetDefaultEncoding<br>*********************************************************************************************************************************<br></div>After <span>STFW<em>, </em>I knew the problem is about </span><span> unicode variant (UCS2, UCS4).<br></span></div><span>I also checked the configuration of two python.<br></span></div><div><span>For /bin/python (adopted by pymol)<br></span><pre><code><span>&gt;&gt;&gt;</span><span> </span><span>import</span><span> sys
</span><span>&gt;&gt;&gt;</span><span> </span><span>print</span><span> sys</span><span>.</span><span>maxunicode
</span><span>1114111<br><br></span></code><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">And for $PHENIX_HOME/base/bin/python (adopted by phenix)</span><br>&gt;&gt;&gt; import sys<br>&gt;&gt;&gt; print sys.maxunicode<br>65535<code><span><br><br></span></code></pre><pre><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">My question is : How do I add the flag --enable-unicode=ucs4 in configuring Python-2.7.8_cci</span><code><span>.<br><br></span></code><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br>I&#39;d appreciate if any reply on this.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></span></pre><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><pre><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">acyang<br></span></pre></font></span></div><span></span><div><div><span> </span></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br></blockquote></div><br></div>