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<DIV dir=ltr>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Calibri'; COLOR: #000000">
<DIV>You need to enable the “alpha test programs” options. Open the Phenix 
Preferences dialog, click the “General” button and scroll down to find it. Then 
close and restart Phenix.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV 
style='FONT-SIZE: small; TEXT-DECORATION: none; FONT-FAMILY: "Calibri"; FONT-WEIGHT: normal; COLOR: #000000; FONT-STYLE: normal; DISPLAY: inline'>
<DIV style="FONT: 10pt tahoma">
<DIV><B>From:</B> <A title=gkontopidis@vet.uth.gr 
href="mailto:gkontopidis@vet.uth.gr">George Kontopidis</A> </DIV>
<DIV style="BACKGROUND: #f5f5f5">
<DIV><B>Sent:</B> Sunday, February 14, 2016 11:45</DIV>
<DIV><B>To:</B> <A title=bkpoon@lbl.gov href="mailto:bkpoon@lbl.gov">'Billy 
Poon'</A> ; <A title=rdo20@cam.ac.uk href="mailto:rdo20@cam.ac.uk">'R. D. 
Oeffner'</A> </DIV>
<DIV><B>Cc:</B> <A title=phenixbb@phenix-online.org 
href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">'PHENIX user mailing list'</A> </DIV>
<DIV><B>Subject:</B> RE: [phenixbb] ensemble refinement</DIV></DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV 
style='FONT-SIZE: small; TEXT-DECORATION: none; FONT-FAMILY: "Calibri"; FONT-WEIGHT: normal; COLOR: #000000; FONT-STYLE: normal; DISPLAY: inline'>
<DIV class=WordSection1>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'>Hi 
Bill,<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'><o:p></o:p></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'>Phenix 
version&nbsp; dev-2313-000 (nightly builds) have been downloaded and 
installed.<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'>GUI 
(phenix.refine) refinement settings does not seem to have an ensemble refinement 
option.<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'><o:p></o:p></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'>Regards, 
<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'><o:p></o:p></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'>George<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US 
style='FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: "Calibri","sans-serif"; COLOR: #1f497d'><o:p></o:p></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal><B><SPAN 
style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'>From:</SPAN></B><SPAN 
style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'> Billy Poon 
[mailto:bkpoon@lbl.gov] <BR><B>Sent:</B> Saturday, February 13, 2016 10:46 
PM<BR><B>To:</B> R. D. Oeffner<BR><B>Cc:</B> George Kontopidis; PHENIX user 
mailing list<BR><B>Subject:</B> Re: [phenixbb] ensemble 
refinement<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><o:p></o:p>&nbsp;</P>
<DIV>
<P class=MsoNormal>Hi George,<o:p></o:p></P>
<DIV>
<P class=MsoNormal><o:p></o:p>&nbsp;</P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>You should use one of the newer nightly builds if you want to 
use the GUI since there have been updates to the GUI. 
<o:p></o:p></P></DIV></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal><BR clear=all><o:p></o:p></P>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
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<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>--<o:p></o:p></P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 9.5pt">Billy K. 
Poon</SPAN><o:p></o:p></P></DIV></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated 
Bioimaging<o:p></o:p></P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>Lawrence Berkeley National Laboratory<o:p></o:p></P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345<o:p></o:p></P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>Berkeley, CA 94720<o:p></o:p></P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>Tel: (510) 486-5709<o:p></o:p></P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>Fax: (510) 486-5909<o:p></o:p></P></DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal>Web: <A href="https://phenix-online.org" 
target=_blank>https://phenix-online.org</A><o:p></o:p></P></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV>
<P class=MsoNormal><o:p></o:p>&nbsp;</P>
<DIV>
<P class=MsoNormal>On Sat, Feb 13, 2016 at 10:51 AM, R. D. Oeffner &lt;<A 
href="mailto:rdo20@cam.ac.uk" target=_blank>rdo20@cam.ac.uk</A>&gt; 
wrote:<o:p></o:p></P>
<P class=MsoNormal>It’s included as an alpha version in version 1.10.1-2155 so 
you’ll have to switch on that setting to make it available from the GUI. It also 
runs from the command line when you call phenix.ensemble_refinement.bat from the 
phenix command prompt.<BR><BR>Do let us know about any issues as I don't think 
many people have used it in anger on Windows 
yet.<BR><BR>Regards,<BR><BR>Robert<BR><BR>-- <BR>Robert Oeffner, 
Ph.D.<BR>Research Associate, The Read Group<BR>Department of 
Haematology,<BR>Cambridge Institute for Medical Research<BR>University of 
Cambridge<BR>Cambridge Biomedical Campus<BR>Wellcome Trust/MRC Building<BR>Hills 
Road<BR>Cambridge CB2 0XY<BR><BR><A 
href="http://www.cimr.cam.ac.uk/investigators/read/index.html" 
target=_blank>www.cimr.cam.ac.uk/investigators/read/index.html</A><BR>tel: <A 
href="tel:%2B44%280%291223%20763234" target=_blank>+44(0)1223 
763234</A><BR><BR><BR>From: George Kontopidis<BR>Sent: Saturday, February 13, 
2016 18:29<BR>To: <A href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" 
target=_blank>phenixbb@phenix-online.org</A><BR>Subject: [phenixbb] ensemble 
refinement<o:p></o:p></P>
<DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN-BOTTOM: 12pt"><BR><BR><BR>Does ensemble 
refinement run on Phenix version 1.10.1-2155 (for windows)<BR><BR>If 
yes<BR><BR>can it run from GUI or only using command 
line?<BR><BR><BR><BR>George<BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><o:p></o:p></P></DIV></DIV>
<P class=MsoNormal>_______________________________________________<BR>phenixbb 
mailing list<BR><A href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" 
target=_blank>phenixbb@phenix-online.org</A><BR><A 
href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" 
target=_blank>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A><BR>Unsubscribe: 
<A href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" 
target=_blank>phenixbb-leave@phenix-online.org</A> 
<BR>_______________________________________________<BR>phenixbb mailing 
list<BR><A href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" 
target=_blank>phenixbb@phenix-online.org</A><BR><A 
href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" 
target=_blank>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A><BR>Unsubscribe: 
<A href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" 
target=_blank>phenixbb-leave@phenix-online.org</A><o:p></o:p></P></DIV>
<P 
class=MsoNormal><o:p></o:p>&nbsp;</P></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></BODY></HTML>