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mily:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> R. D. Oeffner [mailto:<a href="mailto:rdo20@cam.ac.uk" target="_blank">rdo20@cam.ac.uk</a>] <br><b>Sent:</b> Sunday, February 14, 2016 2:23 PM<br><b>To:</b> George Kontopidis<br><b>Cc:</b> 'PHENIX user mailing list'<br><b>Subject:</b> Re: [phenixbb] ensemble refinement</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>&nbsp;<o:p></o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-family:"Calibri","sans-serif";color:black'>You need to enable the “alpha test programs” options. Open the Phenix Preferences dialog, click the “General” button and scroll down to find it. Then close and restart Phenix.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-family:"Calibri","sans-serif";color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'> <a href="mailto:gkontopidis@vet.uth.gr" target="_blank" title="gkontopidis@vet.uth.gr">George Kontopidis</a> </span><o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:whitesmoke'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'>Sent:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'> Sunday, February 14, 2016 11:45</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:whitesmoke'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'>To:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'> <a href="mailto:bkpoon@lbl.gov" target="_blank" title="bkpoon@lbl.gov">'Billy Poon'</a> ; <a href="mailto:rdo20@cam.ac.uk" target="_blank" title="rdo20@cam.ac.uk">'R. D. Oeffner'</a> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:whitesmoke'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'>Cc:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank" title="phenixbb@phenix-online.org">'PHENIX user mailing list'</a> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;background:whitesmoke'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'>Subject:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'> RE: [phenixbb] ensemble refinement</span><o:p></o:p></p></div></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-family:"Calibri","sans-serif";color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi Bill,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Phenix version&nbsp; dev-2313-000 (nightly builds) have been downloaded and installed.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>GUI (phenix.refine) refinement settings does not seem to have an ensemble refinement option.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Regards, </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>George</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black'> Billy Poon [<a href="mailto:bkpoon@lbl.gov" target="_blank">mailto:bkpoon@lbl.gov</a>] <br><b>Sent:</b> Saturday, February 13, 2016 10:46 PM<br><b>To:</b> R. D. Oeffner<br><b>Cc:</b> George Kontopidis; PHENIX user mailing list<br><b>Subject:</b> Re: [phenixbb] ensemble refinement</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>Hi George,</span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>You should use one of the newer nightly builds if you want to use the GUI since there have been updates to the GUI. </span><o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'><br clear=all></span><o:p></o:p></p><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>--</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:9.5pt;color:black'>Billy K. Poon</span><o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>Lawrence Berkeley National Laboratory</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>Berkeley, CA 94720</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>Tel: <a href="tel:%28510%29%20486-5709" target="_blank">(510) 486-5709</a></span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>Fax: <a href="tel:%28510%29%20486-5909" target="_blank">(510) 486-5909</a></span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>Web: <a href="https://phenix-online.org" target="_blank">https://phenix-online.org</a></span><o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>On Sat, Feb 13, 2016 at 10:51 AM, R. D. Oeffner &lt;<a href="mailto:rdo20@cam.ac.uk" target="_blank">rdo20@cam.ac.uk</a>&gt; wrote:</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>It’s included as an alpha version in version 1.10.1-2155 so you’ll have to switch on that setting to make it available from the GUI. It also runs from the command line when you call phenix.ensemble_refinement.bat from the phenix command prompt.<br><br>Do let us know about any issues as I don't think many people have used it in anger on Windows yet.<br><br>Regards,<br><br>Robert<br><br>-- <br>Robert Oeffner, Ph.D.<br>Research Associate, The Read Group<br>Department of Haematology,<br>Cambridge Institute for Medical Research<br>University of Cambridge<br>Cambridge Biomedical Campus<br>Wellcome Trust/MRC Building<br>Hills Road<br>Cambridge CB2 0XY<br><br><a href="http://www.cimr.cam.ac.uk/investigators/read/index.html" target="_blank">www.cimr.cam.ac.uk/investigators/read/index.html</a><br>tel: <a href="tel:%2B44%280%291223%20763234" target="_blank">+44(0)1223 763234</a><br><br><br>From: George Kontopidis<br>Sent: Saturday, February 13, 2016 18:29<br>To: <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>Subject: [phenixbb] ensemble refinement</span><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'><span style='color:black'><br><br><br>Does ensemble refinement run on Phenix version 1.10.1-2155 (for windows)<br><br>If yes<br><br>can it run from GUI or only using command line?<br><br><br><br>George<br><br><br><br><br><br><br></span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a> <br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></span><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:black'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></div></body></html>