<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    P.S.: <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">If atom is misplaced normally you would
      see both: positive and negative residual density in close
      proximity to each other. <br>
      <br>
      If you only see negative density at SG centers this may mean the
      site is partially occupied.<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:368539498.3207258.1455485080089.JavaMail.yahoo@mail.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff;
        font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial,
        Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px">
        <div id="yui_3_16_0_1_1455483927872_4897" dir="ltr">Sorry, my
          previous email was incomplete. My structure has negative
          density in the center of some disulfides (the magnitude of
          this effect vary between different monomers in the ASU). I'd
          like to refine the structure in an "artificial reduced form",
          where cysteines involved in disulfides are treated in reduced
          form, but repulsions originating from neighboring sulfur atoms
          are turned-off, to monitor distances (I expect that SG atoms
          remain close to 2 A), guided only by data. Thank you,<br>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>