<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Hello all,<div><br></div><div>I am trying to get the difference electron density maps for residues with multiple conformations after I set the occupancy of their atoms to 0.</div><div>My main goal is to visualize the green positive density peaks that should appear for the atoms whose occupancy I set to 0.</div><div>However, when I run the phenix.refine command (doing all of this via cli, not gui), the output pdb file </div><div><br></div><div><br></div><div>I will try to illustrate my process and problem with an example that works fine and one that doesn&#39;t, side by side, step by step.</div><div><ol><li>I generate a pdb file that has a chosen residue set to occupancy 0. See &#39;pdb_1agy_res_SER_resID_120_del.pdb&#39; and &#39;pdb_1agy_res_SER_resID_129_del.pdb&#39;. As you can see, the former has SER 120 set to 0 occupancy and has one conformation, and the latter has SER 129 set to 0 occupancy for BOTH of its conformations. Both files are correct up to this point.</li><li>I then execute the following command:</li></ol>phenix.refine <b>pdb_del_file</b> <b>mtz_file</b> main.number_of_macro_cycles=5 output.write_eff_file=False output.write_geo_file=False output.write_def_file=False refinement.input.xray_data.r_free_flags.generate=True --overwrite<ul><li>with <b style="font-weight:bold">mtz_file </b>set to &#39;1agy.mtz&#39; (from the PDB) and <b>pdb_del_file</b> set to either &#39;pdb_1agy_res_SER_resID_120_del.pdb&#39; and &#39;pdb_1agy_res_SER_resID_129_del.pdb&#39;.</li></ul></div><div><ul><li>This results in 2 files pdb_1agy_res_SER_resID_XXX_del_refine_001.mtz and pdb_1agy_res_SER_resID_XXX_del_refine_001.pdb. Comparing these pdb files, you can see that the occupancy for SER 120 remains set to 0 (which is what I want), but the occupancies for the 2 conformers for SER 129 have been filled in by phenix (not what I want) somewhere during the refinement process. As a result, I get the desired difference peaks for SER 120, but not for SER 129 (which seems to be averaged out).</li></ul>Other than deleting the 2nd conformation for SER 129, is there a way to solve this problem, preferably via command line arguments/flags?</div><div><br></div><div>Thanks,<br>Alex</div></div></div></div>