<div dir="ltr">So why areĀ <span style="font-size:12.8px">geometry restraints imposed on multiple conformers but not a single conformation, with both having atoms set to 0 occupancy?</span></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 18, 2016 at 2:09 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Alejandro,<span class=""><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I just tried phenix.maps, and it yields substantially different difference maps than those obtained through my refinement process.<br>
</blockquote>
<br></span>
not surprising at all because phenix.refine changes the model and phenix.maps uses input model as is to compute maps!<span class=""><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Are there any other techniques or parameters I can modify to make residues with multiple conformations &#39;invisible&#39; to phenix.refine, in addition/besides set occupancies to 0 or deleting the residue form the pdb file?<br>
</blockquote>
<br></span>
No. They will be always visible to geometry restraints.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Pavel<br>
<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>