<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Georg,<br>
    <br>
    what you get doesn't look good.<br>
    <br>
    I think you can answers and fix suggestions to this here <br>
    <br>
    "
    <meta charset="utf-8">
    13 typical occupancy refinement scenarios and available options in
    phenix.refine"<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2015_07.pdf">https://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2015_07.pdf</a><br>
    <br>
    Make sue input occupancies within the residue name&amp;number are
    the same.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 2/22/16 00:10, Georg Mlynek wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:56CA43C9.80002@univie.ac.at" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=windows-1252"
        http-equiv="Content-Type">
      <br>
      <br>
      <div class="moz-cite-prefix">On 02/21/2016 11:33 PM, Georg Mlynek
        wrote:<br>
      </div>
      <blockquote cite="mid:56CA3B4C.2090009@univie.ac.at" type="cite">
        <meta content="text/html; charset=windows-1252"
          http-equiv="Content-Type">
        Dear scientific community,<br>
        <br>
        1. <br>
        <br>
        if I put in the gui under Modify selections for: Occupancies /
        simple occupancy refinement<br>
        <br>
        resname SO4 <br>
        resname GOL<br>
        <br>
        <br>
        <br>
        phenix outputs different occupancies for each of the elements in
        the molecule.<br>
        <br>
        <img src="cid:part1.09020703.07080108@lbl.gov" alt=""><br>
        <br>
        Is the atom selection syntax wrong or is it a bug?  (Ready set
        is also not flagging or correcting this, would be nice is this
        can be implemented)<br>
        <br>
        2. I used phenix optimize final model and I wonder why it
        refines K anisotropic but not NA and CL. <br>
        (I would be very nice, if the program could summarize at the end
        which settings and strategies were finally used, so this can be
        added to the publication: I know it is under development)<br>
         <br>
        <br>
         adp {<br>
              individual {<br>
                isotropic = not (element K)<br>
                anisotropic = (element K)<br>
              }<br>
        <br>
          }<br>
            occupancies {<br>
              individual = resname NA or resname K or resname CL<br>
              remove_selection = None<br>
              constrained_group {<br>
                selection = None<br>
              }<br>
        <br>
        <br>
        I am using ubuntu 15.10<br>
        <br>
        phenix version dev-2313-000<br>
        <br>
        Many thanks in advance, best regards Georg.<br>
      </blockquote>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>