<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>I know that feeling all too well!</p>
<p><br>
</p>
<p>Cheers,</p>
<p><br>
</p>
<p>Tristan<br>
</p>
<p><br>
</p>
<br>
<br>
<div style="color: rgb(49, 55, 57);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of Pavel Afonine &lt;pafonine@lbl.gov&gt;<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 23 February 2016 1:47 AM<br>
<b>To:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Feature request: multi-stage refinement protocols from the GUI?</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>Hi Tristan,<br>
<br>
I've been willing to do this for years now. In fact it would help to automate refinement by dynamically casting refinement strategies and parameters as refinement progresses.
<br>
<br>
Unfortunately no, this functionality is not available. It is not too difficult to implement, may be a week of focused work. The biggest problem is that the (only) way this can be done will brake a lot of backwards compatibility and will require a lot of changes
 in the GUI because the main{} scope of parameters will have to become of type &quot;multiple&quot;. So far this was the major demotivator for me to do it.<br>
<br>
All the best,<br>
Pavel<br>
<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 2/22/16 15:36, Tristan Croll wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi all,</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm personally a big fan of the Phenix GUI, in particular for its automated record keeping for different runs. One thing I really wish it had, though, is the option to define more complex refinement scenarios as a single run. An example of what I'm talking
 about is the following protocol that has been working very well for me on a 3.6  strucutre:</p>
<p><br>
</p>
<p>- ~6 rounds of refinement of TLS, a single group B-factor and occupancies (the latter for a very small set of residues, mostly low-occupancy lead ions) with positions fixed</p>
<p>- ~8 rounds of TLS and individual B-factor refinement, still with positions fixed and with no further occupancy refinement</p>
<p>- ~8 rounds of TLS, B-factor and position refinement with torsion-angle restraints to the starting model</p>
<p>- ~8 rounds of position refinement with no restraints other than standard stereochemistry and metal bonds.</p>
<p><br>
</p>
<p>I know that all of this could be scripted quite easily from the command line, but it would be fantastic to be able to queue up such a protocol as a single continuous job in the GUI.</p>
<p><br>
</p>
<p>Best regards,</p>
<p><br>
</p>
<p>Tristan<br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
<pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
</blockquote>
<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>