<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Tristan,<br>
    <br>
    I've been willing to do this for years now. In fact it would help to
    automate refinement by dynamically casting refinement strategies and
    parameters as refinement progresses. <br>
    <br>
    Unfortunately no, this functionality is not available. It is not too
    difficult to implement, may be a week of focused work. The biggest
    problem is that the (only) way this can be done will brake a lot of
    backwards compatibility and will require a lot of changes in the GUI
    because the main{} scope of parameters will have to become of type
    "multiple". So far this was the major demotivator for me to do it.<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 2/22/16 15:36, Tristan Croll wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:BY1PR0101MB117428F8CB88D475CA0D0D87DDA30@BY1PR0101MB1174.prod.exchangelabs.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
        <p>Hi all,</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>I'm personally a big fan of the Phenix GUI, in particular for
          its automated record keeping for different runs. One thing I
          really wish it had, though, is the option to define more
          complex refinement scenarios as a single run. An example of
          what I'm talking about is the following protocol that has been
          working very well for me on a 3.6  strucutre:</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>- ~6 rounds of refinement of TLS, a single group B-factor and
          occupancies (the latter for a very small set of residues,
          mostly low-occupancy lead ions) with positions fixed</p>
        <p>- ~8 rounds of TLS and individual B-factor refinement, still
          with positions fixed and with no further occupancy refinement</p>
        <p>- ~8 rounds of TLS, B-factor and position refinement with
          torsion-angle restraints to the starting model</p>
        <p>- ~8 rounds of position refinement with no restraints other
          than standard stereochemistry and metal bonds.</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>I know that all of this could be scripted quite easily from
          the command line, but it would be fantastic to be able to
          queue up such a protocol as a single continuous job in the
          GUI.</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>Best regards,</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>Tristan<br>
        </p>
        <p><br>
        </p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>