
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">

<p>Hi all,</p>

<p><br>

</p>

<p>I'm personally a big fan of the Phenix GUI, in particular for its automated record keeping for different runs. One thing I really wish it had, though, is the option to define more complex refinement scenarios as a single run. An example of what I'm talking

 about is the following protocol that has been working very well for me on a 3.6 � strucutre:</p>

<p><br>

</p>

<p>- ~6 rounds of refinement of TLS, a single group B-factor and occupancies (the latter for a very small set of residues, mostly low-occupancy lead ions) with positions fixed</p>

<p>- ~8 rounds of TLS and individual B-factor refinement, still with positions fixed and with no further occupancy refinement</p>

<p>- ~8 rounds of TLS, B-factor and position refinement with torsion-angle restraints to the starting model</p>

<p>- ~8 rounds of position refinement with no restraints other than standard stereochemistry and metal bonds.</p>

<p><br>

</p>

<p>I know that all of this could be scripted quite easily from the command line, but it would be fantastic to be able to queue up such a protocol as a single continuous job in the GUI.</p>

<p><br>

</p>

<p>Best regards,</p>

<p><br>

</p>

<p>Tristan<br>

</p>

<p><br>

</p>

</div>

</body>

</html>