<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Oliver,<br>
    <br>
    something I'm not quite sure I understand.. if you can see the
    ligand in the difference map you should be able to see it in the
    original experimental map too (at appropriate contour level). <br>
    <br>
    It's different from crystallography, I think. In crystallography we
    almost always use model phases to compute usual maps, meaning we
    have to deal with model bias and other artifacts. In cryo-EM the
    reconstructed map is your primary data for atomic modeling. If there
    is signal you should be able to see it in this map.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 3/15/16 12:03, Oliver Clarke wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAPghYOr+o3BxnkXG-TOp9cfkOCd0eMqzngBCpArQsJWhyo=3bA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>Hi Pavel, Thanks! Such maps can definitely be helpful, I
            calculate them quite often - to identify bound ligands it is
            certainly helpful, or to highlight regions of the model that
            have poor fit to the map, similar to their use in
            crystallography.<br>
            <br>
          </div>
          Cheers,<br>
        </div>
        Oliver.<br>
        <div>
          <div><br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On Tue, Mar 15, 2016 at 12:47 PM, Pavel
          Afonine <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Oliver,<br>
            <br>
            why not.. I think we can compute map from model and then
            subtract it from the experimental input map (after scaling
            them somehow).<br>
            <br>
            No I did not have that plan because it wasn't clear to me
            how such map can be helpful (especially since we don't do
            best possible job on B factor refinement).<br>
            <br>
            I will add this option.<span class="HOEnZb"><font
                color="#888888"><br>
                <br>
                Pavel</font></span>
            <div class="HOEnZb">
              <div class="h5"><br>
                <br>
                On 3/15/16 10:25, Oliver Clarke wrote:<br>
                <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
                  .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                  Hello,<br>
                  <br>
                  is there any possibility of (or current plan for)
                  including the capacity in a future PHENIX release to
                  calculate a residual map automatically after
                  phenix.real_space refine, (i.e. simulating a map from
                  the model incorporating corrections for B-factor
                  variation and calculating a difference map with the
                  experimental map)? This would be very convenient when
                  building into EM maps.<br>
                  <br>
                  Cheers,<br>
                  Oli<br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>