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pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Rmerge  (within I+/I-)                     0.075     0.033     0.851</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Rmerge  (all I+ and I-)                    0.086     0.048     0.919</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Rmeas (within I+/I-)                       0.089     0.039     1.007</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Rmeas (all I+ &amp; I-)                        0.093     0.052     0.996</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Rpim (within I+/I-)                        0.047     0.021     0.534</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Rpim (all I+ &amp; I-)                         0.035     0.021     0.380</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Rmerge in top intensity bin                0.031        -         - </span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Total number of observations              214291      4072     22139</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Total number unique                        31247       617      3299</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Mean((I)/sd(I))                             14.4      29.4       2.9</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Mn(I) half-set correlation CC(1/2)         0.998     0.995     0.785</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Completeness                               100.0      99.9      99.8</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Multiplicity                                 6.9       6.6       6.7</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><b><span style='font-family:Courier;color:red'>Anomalous completeness                      99.7      98.1      98.8</span></b><o:p></o:p></pre><pre><b><span style='font-family:Courier;color:red'>Anomalous multiplicity                       3.4       3.4       3.3</span></b><o:p></o:p></pre><pre><b><span style='font-family:Courier;color:red'>DelAnom correlation between half-sets      0.303     0.473     0.046</span></b><o:p></o:p></pre><pre><b><span style='font-family:Courier;color:red'>Mid-Slope of Anom Normal Probability       1.161       -         -  </span></b><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><b><span style='font-family:Courier;color:red'>Estimate of maximum resolution for significant anomalous signal =  3.97A, from CCanom &gt;  0.15</span></b><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Estimates of resolution limits: overall</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>   from half-dataset correlation CC(1/2) &gt;  0.30: limit =  2.40A  == maximum resolution</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>   from Mn(I/sd) &gt;  1.50:                         limit =  2.40A  == maximum resolution</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>   from Mn(I/sd) &gt;  2.00:                         limit =  2.40A  == maximum resolution</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Estimates of resolution limits in reciprocal lattice directions:</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>  Along h k plane</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>   from half-dataset correlation CC(1/2) &gt;  0.30: limit =  2.40A  == maximum resolution</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>   from Mn(I/sd) &gt;  1.50:                         limit =  2.40A  == maximum resolution</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>  Along l axis</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>   from half-dataset correlation CC(1/2) &gt;  0.30: limit =  2.40A  == maximum resolution</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>   from Mn(I/sd) &gt;  1.50:                         limit =  2.40A  == maximum resolution</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Anisotropic deltaB (i.e. range of principal components), A^2: 12.33</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Average unit cell:   65.87   65.87  164.25   90.00   90.00  120.00 </span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Space group: P 31</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Average mosaicity:   0.58</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Minimum and maximum SD correction factors: Fulls   1.07 104.68 Partials   1.18 134.50</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>Anomalous flag switched ON in input, strong anomalous signal found</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>$$ </span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>==============================================================</span><o:p></o:p></pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>I do not know if this data set with such anomalous completeness and multiplicity is enough for me to get phase information to&nbsp;</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'>locate the Iodine, I do not have native dataset, and only have iodine soaking dataset.</span><o:p></o:p></pre><pre><span style='font-family:Courier;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Tue, Apr 12, 2016 at 11:53 AM, rspencer &lt;<a href="mailto:rspencer@uci.edu" target="_blank">rspencer@uci.edu</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in'><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi Alex,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>You need to look at you anomalous signal in the aimless.log output to see if there was a detectable anomalous signal. You can also force iMosflm to treat the dataset as having an anomalous signal so that it won’t merge your intensities.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Soaking does not guarantee that you will have an anomalous signal in your crystal and you may need to do a multiple crystals with increasing soak time to get an anomalous signal. You can easily do this by soaking the crystal and checking a few frames on your in-house source. Process the frames and see if an anomalous signal is detected.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Good luck!</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Ryan</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>From:</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'> <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a> [mailto:<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Alex Lee<br><b>Sent:</b> Tuesday, April 12, 2016 11:09 AM<br><b>To:</b> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><b>Subject:</b> [phenixbb] Phenix Xtriage label error</span><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>&nbsp;<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Dear Phenixbb members,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I have a data-set of a 8 kDa protein crystal around 2.5A resolution. The protein crystal was soaked in potassium iodine before collecting data using in-house beam (1.54A wavelength). As I expected some anomalous signal from the iodine ion from the crystal, after I use Imosflm to index, integrate and scale the data (space group P3). I got four output .mtz files: pointless_XXX.mtz; aimless_xxx.mtz; ctruncate_xxx.mtz; ctruncate_xxx-unique.mtz. After I check with viewHKL, I found the only unmerged mtz data is pointless_XXX.mtz, the other three mtz files are merged.&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>The next step I tried to use Phenix Xtriage (Linux version 1.10.1) to check my mtz data for anomalous completeness, I thought in this step my mtz should be unmerged type to see the anomalous signal, so I chose &quot;pointless_xxx.mtz&quot; as Xtriage input, but for the data labels in the Xtriage GUI panel, I can only have two choices of &quot;I, SIGI, Merged&quot; and &quot;IPR, SIGIPR, Merged&quot;, it seems I do not have a choice of an unmerged mtz label. I decide to leave this choice blank by choosing data labels&quot;---&quot;. After I click &quot;run&quot;, Xtriage gave an error &quot;please select labels for input data&quot;.&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Any input on this issue?&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Thanks in advance.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></div></body></html>