<div dir="ltr">Hi Alex,<div><br></div><div>What are the column labels in your MTZ file? If you open your MTZ file in the &quot;Reflection file editor&quot; under &quot;Reflection tools&quot; in the GUI, you can see all the labels available in the file. You can also run phenix.mtz.dump &lt;MTZ file&gt; at the command line.</div><div><br></div><div>We try to recognize standard label names, like &quot;I(+),&quot; &quot;I(-),&quot; &quot;SIGI(+),&quot; and &quot;SIGI(-),&quot; so maybe you have labels that we do not expect. Thanks!</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div>--</div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Billy K. Poon</span><br></div></div><div>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div><div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div><div>Berkeley, CA 94720</div><div>Tel: (510) 486-5709</div><div>Fax: (510) 486-5909</div><div>Web: <a href="https://phenix-online.org" target="_blank">https://phenix-online.org</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 12, 2016 at 11:53 AM, rspencer <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rspencer@uci.edu" target="_blank">rspencer@uci.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d">Hi Alex,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d">You need to look at you anomalous signal in the aimless.log output to see if there was a detectable anomalous signal. You can also force iMosflm to treat the dataset as having an anomalous signal so that it won’t merge your intensities.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d">Soaking does not guarantee that you will have an anomalous signal in your crystal and you may need to do a multiple crystals with increasing soak time to get an anomalous signal. You can easily do this by soaking the crystal and checking a few frames on your in-house source. Process the frames and see if an anomalous signal is detected.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d">Good luck!<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d">Ryan<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"> <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a> [mailto:<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Alex Lee<br><b>Sent:</b> Tuesday, April 12, 2016 11:09 AM<br><b>To:</b> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><b>Subject:</b> [phenixbb] Phenix Xtriage label error<u></u><u></u></span></p><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Dear Phenixbb members,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I have a data-set of a 8 kDa protein crystal around 2.5A resolution. The protein crystal was soaked in potassium iodine before collecting data using in-house beam (1.54A wavelength). As I expected some anomalous signal from the iodine ion from the crystal, after I use Imosflm to index, integrate and scale the data (space group P3). I got four output .mtz files: pointless_XXX.mtz; aimless_xxx.mtz; ctruncate_xxx.mtz; ctruncate_xxx-unique.mtz. After I check with viewHKL, I found the only unmerged mtz data is pointless_XXX.mtz, the other three mtz files are merged. <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">The next step I tried to use Phenix Xtriage (Linux version 1.10.1) to check my mtz data for anomalous completeness, I thought in this step my mtz should be unmerged type to see the anomalous signal, so I chose &quot;pointless_xxx.mtz&quot; as Xtriage input, but for the data labels in the Xtriage GUI panel, I can only have two choices of &quot;I, SIGI, Merged&quot; and &quot;IPR, SIGIPR, Merged&quot;, it seems I do not have a choice of an unmerged mtz label. I decide to leave this choice blank by choosing data labels&quot;---&quot;. After I click &quot;run&quot;, Xtriage gave an error &quot;please select labels for input data&quot;. <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Any input on this issue? <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks in advance.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br></blockquote></div><br></div>